«Жену замучил!» — зашептали лоссиевские и брунны. Что им, никогда не любившим и всегда считавшим себя правыми, до подлинных чувств Пирогова, который страстно любил и страстно ошибался! Фаддей Булгарин — его Пирогов и на пушечный выстрел к себе не подпускал — изощрялся в подленьких намеках, припоминая «для сравнения» пресловутого французского врача, вскрывшего труп собственной жены. А Пирогов, по свидетельству бывавшего у него в доме ученого и журналиста Сенковского, «лежал больной, совсем убитый, плакал; его окружала куча докторов… он безутешен».
Что бруннам и булгариным до подлинных чувств Пирогова! А он, выбитый страшным событием из колеи привычных дел и забот, тотчас начал все осознавать, прозревать. Он скорбел оттого, что за девять месяцев беременности Екатерина Дмитриевна не сказала ему о своем желании родить девочку, дочь. В этом пустячном факте Пирогов прочитал многое — и все себе в укор: «Неужели она была не откровенна со мной?»
Он хотел оградить Екатерину Дмитриевну от целого мира, чтобы она принадлежала только ему — ревнивому другу. А у Екатерины Дмитриевны оказался свой мир, и для него, Пирогова, туда хода не было. Внутри его ограды она возвела свою, и его ограда потеряла смысл.
Он хотел один заменить ей все: дело, людей, мысли. А она убегала от него в свой маленький мирок, в свою оградку. Одного «великого Пирогова» для нее было слишком много и слишком мало. Пирогов понимал: не в откровенности дело. Восклицал: «Неужели она была не откровенна со мной?» А думал, наверное: «Не свободна». Нельзя по собственным выкройкам сшить для другого свободу. Свобода не загон, окруженный частоколом правил и ограничений. Он хотел лучшего, а получалось плохо, и прозрел слишком поздно. Прозрение его бывало жестоко — он не умел щадить себя, разбираясь в своих ошибках. И разве не показательно: первый раз в жизни Пирогов не ищет утешения в единственном своем убежище — науке. Знал — от дум и чувств, обрушившихся на него, не спасет и наука. Он писал в рапорте: «Расстроенное мое здоровье, требующее по крайней мере полугодичного спокойствия и перемены места, заставляет меня переменить весь род моей службы…»
В начале марта 1846 года профессор Пирогов уехал в командировку за границу.
Впервые он старался убежать от дела. Но дело не отставало — шло за ним по пятам.
В конце января 1846 года, в самые тяжелые для Пирогова дни горя и отчаяния, был высочайше утвержден предложенный им, совместно с академиком Бэром и профессором Зейдлицем, проект создания при академии Анатомического института.
Осуществление этого проекта позволяло поставить изучение и преподавание анатомии на небывалую высоту. Становилась жизнью давняя мечта Пирогова. Он писал: «Несмотря на то, что я с лишком 15 лет занимаюсь анатомическими исследованиями, анатомия чисто описательная никогда, однако же, не была предметом моих занятий, и главная цель моих анатомических исследований было всегда
Подготовка молодых ученых, воспитание смены — для Пирогова задача не менее важная, чем собственные широкие исследования. Не случайно в ту пору, когда обсуждался вопрос о назначении Пирогова директором института (должность официально называлась: «директор анатомических работ»), Бэр сообщал президенту академии, что Пирогов согласен возглавить институт лишь в том случае, если он станет «учреждением, дающим молодых анатомов». «Академия и родина должны приветствовать это!» — восклицал Бэр.
Пирогов сумел привлечь интерес молодежи к анатомии: у студентов всех курсов она сделалась едва ли не самой любимой из научных дисциплин. Вскоре после создания института руководству академии пришлось издать специальный приказ, разрешающий студентам посещать Анатомический институт лишь в часы, свободные от других занятий.
На должность директора анатомических работ не было кандидата достойнее Пирогова. Титул опять опоздал. Пирогов на деле давно уже стал «директором анатомических работ».
Он пригласил в Петербург двух отличных прозекторов — Венцеслава Грубера из Вены и своего старого знакомого Георга Шульца из Дерпта. Грубер был большой ученый. Шульц — отличный исполнитель.