В 1904 году А. Е. Снесарев женится на Евгении Васильевне Зайцевой, дочери начальника военной администрации города Ош полковника Зайцева Василия Николаевича. Это был очень авторитетный человек, ветеран службы в Средней Азии, бывший адъютант М. Д. Скобелева в одном из его походов при присоединении ее к России, автор ряда популярных книг, в том числе ««Руководства для бригадных и батальонных адъютантов по всем видам их деятельности», выдержавшего 15 изданий.
Соперниками Снесарева в борьбе за руку и сердце Жени Зайцевой были шведский путешественник Свен Гедин и Борис Федченко, ботаник и путешественник, сын известных исследователей Азии А. П. и О. А. Федченко. Но юная красавица отдала предпочтение мужественному и талантливому офицеру. Так что эти имена в письмах встречаются не случайно.
Брак заключался по большой взаимной любви и оказался очень счастливым с точки зрения сохранения на всю последующую жизнь этого высокого и дорогого для каждого человека чувства. В семейно-брачной жизни Андрей Евгеньевич и Евгения Васильевна были счастливым людьми. Об этом свидетельствуют дух и содержание публикуемых писем.
В конце 1904 года штабс-капитана Снесарева, как уже признанного специалиста по Среднему Востоку, переводят служить в Санкт-Петербург в Главное управление Генерального штаба. Здесь его служба продлилась до 1910 года, ему были присвоены очередные воинские звания: подполковника (1904) и полковника (1908). Наряду со службой в столице Андрей Евгеньевич активно занимается научной и общественной деятельностью, преподает в военном училище и академии, выступает с лекциями и докладами в различных обществах: географическом, ориенталистов (востоковедов), ревнителей военных знаний. В 1908 году он участвует в работе международного конгресса ориенталистов в Копенгагене, где делает два доклада: «Религии и обычаи горцев Западного Памира» и «Пробуждение национализма в Азии». В годы службы в Петербурге выходит ряд его крупных работ: «Восточная Бухара», «Индия как главный фактор в среднеазиатском вопросе», «Англо-русское соглашение», «Военная география России». Он принимает активное участие в издании газеты «Голос правды», а также журнала «Чтение для солдат», выступает автором целого ряда статей в «Военной энциклопедии», которая начала в это время выходить в издательстве Сытина.
В 1907 году между Великобританией и Россией было заключено соглашение. А. Е. Снесарев публично осудил его как не отвечающее интересам России: «…
При исполнении этих двух должностей А. Е. Снесарева и застает в 1914 году надвигающаяся Первая мировая война. К этому времени в его семье уже было трое детей: два мальчика (Евгений и Кирилл) и девочка (Евгения – Ейка). В фронтовых письмах они – предмет постоянного внимания, заботы и любви.
Служба в военном режиме для 2-й казачьей Сводной дивизии, включая ее начальника штаба полковника А. Е. Снесарева, началась раньше официального объявления 1-го августа Германией войны России. Уже в июле дивизия начала встречное выдвижение к границе, на которую устремились войска Австро-Венгрии. С этого времени седло и окоп стали для Снесарева основным рабочим местом его пребывания в течение целых трех лет.