За противником Собчака вдруг начали следить какие-то «люди в штатском». Его машину постоянно сопровождали одни и те же странные автомобили. Все это было не очень понятно и совсем не приятно. Офицеры местного МВД тайно передавали в штаб Яковлева информацию, что на него возможно покушение, что могут быть провокации, просили в течение некоторого времени не ночевать дома. «С одной стороны, даже после первого тура никто не верил, что Яковлев сможет победить. С другой, было много бизнес-проектов, влиятельных и авторитетных (в криминальном смысле этого слова) людей, завязанных на Собчака и его команду. И эти люди не одобряли возможную смену хозяина в Смольном. Их пугали даже гипотетические перемены, поэтому они хотели подстраховаться», — объясняет Алексей Кошмаров позицию своих прошлых противников. Но каналам МВД со ссылкой на агентурные данные прошло даже имя киллера, якобы нанятого для убийства Яковлева. Прошедший в далекие молодые годы курс диверсионно-подрывной деятельности в советских войсках специального назначения, Алексей Кошмаров как заправский телохранитель неделю держал зонтик над головой своего клиента, когда они переходили от машины к какому-нибудь зданию. Но после полостной операции, с не зажившими еще ранами, Яковлев вынужден был три дня прятаться и ночевать на конспиративных квартирах. Его жена Ирина Ивановна при этом старательно делала вид, что муж дома и в доме все спокойно: «Нам рассказали о якобы трех вариантах устранения Яковлева: отравление, киллер или автомобильная авария на Кировском мосту. Мы разработали свой сценарий. Водитель одной из двух яковлевских машин создает на дороге аварийную ситуацию и блокирует движение на улице, давая возможность Яковлеву скрыться от навязчивой слежки. Он действительно прятался на конспиративной квартире. Мы общались с помощью пейджера, и после выборов ребята из спецслужб показывали нам распечатки этих «диалогов». Он мне посылал, например, сообщение — «привет, репка», а сам другим овощем назывался. Они все это старательно записывали, но адреса все-таки не знали. Тем более что мы показывали бурную жизнь в нашей квартире: свет во всех комнатах, люди в окошках, работает телевизор…»
Нервы у всех на пределе. Говорят, что почти каждый день поздно вечером Владимир Путин тайно встречался с одним из ключевых активистов яковлевского штаба. Они по часу гуляли по какому-нибудь парку и обсуждали ситуацию в городе: никто не хотел лишних эксцессов, провокаций и скандалов во втором по величине городе России накануне еще и выборов президента России.
Эксперты газеты «КоммерсантЪ» предупреждали, что семипроцентный отрыв, с которым лидировал в первом туре Анатолий Собчак, не означает автоматической победы в туре втором. Свою позицию газета мотивировала так: «Из 12 кандидатов, не прошедших во второй тур, только два никому не известных претендента, получивших 0,1 % и 0,4 % голосов, рискнули поддержать Собчака. Яковлева же поддержала мощная коалиция, в которую вошли лидер «ЯБЛОКА» Игорь Артемьев, бывший вице-мэр Вячеслав Щербаков, бывший председатель Петросовета Александр Беляев и губернатор Ленинградской области Александр Беляков. Юрий Болдырев, несмотря на попытки обоих претендентов заручиться его поддержкой, предпочел соблюсти нейтралитет, хотя и высказался в том смысле, что Петербургу нужен новый губернатор. Наконец, коммунисты КПРФ и РКРП призвали своих сторонников голосовать за Яковлева — прежде всего из соображений необходимости «свалить Собчака».
Однако до часа «X» стопроцентных прогнозов дать не мог никто.
Вдень решающего голосования чаша весов несколько раз склонялась то в одну, то в другую сторону. Анатолий Собчак лидировал в центральных районах города — Адмиралтейском, Василеостровском, Красногвардейском, Выборгском, Калининском, Приморском, Центральном, Петроградском, Московском — и в среднем победил там с отрывом в 7 %. «Мы несколько раз в ночь голосования разговаривали с членами штаба Собчака, и они нам заявляли: «Ну, все, мы выиграли. — А банкет будет? — Конечно, и банкет будет, и вас пригласим». Они до последнего момента были уверены, что Собчак побеждает. А потом медленно, но верно проценты голосов, отданных за Яковлева, пошли вверх. Ведь сначала считали голоса в центральных районах города, и только позже начали поступать данные с окраин», — вспоминает Вячеслав Щербаков обстановку в Смольном в ночь подсчета избирательных бюллетеней.