В начале 1955 г. ситуация накалилась. Городок Мокучонг, где находилась штаб-квартира нага, был объявлен неблагополучным районом, и власти получили право проводить в любом доме обыски и аресты без получения санкции прокурора. В январе 1956 г. вся система гражданского управления в землях нага была ликвидирована, и район Нагаленда был объявлен зоной беспорядков. Теперь и нага отошли от мирного сопротивления властям и приступили к партизанской борьбе, провозгласив Федеральное правительство Нагаленда (Federal Government of Nagalen — FGN). Партизанские отряды нага объявлялись частями Национальной армии нага (Naga National Army — NNA). Индийские войска в ответ ввели новые части в Ассам. За следующие два года в горах нага было убито 1400 сепаратистов и 162 индийских солдата. Кровопролитие не могло не вызвать беспокойства лидеров нага за судьбу гор и их обитателей. Сепаратисты разделились на умеренных и радикалов. Вслед за этим центральное правительство попыталось договориться с умеренными, но радикалы убили влиятельного сторонника мирных соглашений с Дели Т.Н. Сакхирие. Теперь умеренные нага были вынуждены солидаризироваться с центральным правительством, ибо мирное сопротивление центру оказалось неэффективным, в вооруженном противостоянии умеренные оказывались под двойным обстрелом. Группа умеренных нага во главе с Т.Н. Ангами участвовала в выборах 1957 г. в легислатуру Ассама и нижнюю палату парламента Индии Лок Сабха. Под названием Националистическая организация Нага (Naga Nationalist Organization — NNO) во главе Т.Н. Ангами партия умеренных участвовала в выборах и получила три места в легислатуре штата и одно — в парламенте страны.
Между тем в игру вступили правящие круги Пакистана и его союзника — США. Опасаясь за свои позиции в восточной Бенгалии, тогда — части Пакистана, власти этой страны решили ослабить индийские позиции на северо-востоке и поддержали нага, предоставив их лидерам возможность создать базы сепаратистов в Читтагонге, недалеко от пакистано-бирманской границы. Туда перебрался (или был выкраден и вывезен) лидер радикалов Физо. В его распоряжении оказалось 2,5 тыс. боевиков нага.
В 1960 г., неудовлетворенный недостаточной помощью со стороны Пакистана, Физо перебрался в Лондон, где попытался заручиться поддержкой представителей бывшей метрополии. Между тем военный конфликт Индии с КНР на время отвлек индийские регулярные части, и умеренные нага получили временный контроль над значительной частью родных гор. Они убедили Неру предоставть нага автономию, дабы выбить почву из под ног радикальных сепаратистов. В этой ситуации посредником между сепаратистами и нага вызвалась быть Баптистская церковь Нагаленда. Обе противоборствующие стороны договорились о перемирии, и в мае 1964 г. стало действовать соглашение о прекращении огня. При этом премьер самопровозглашенного «кабинета министров» Нагаленда Скато Све потребовал для своего региона автономии, сопоставимой с автономией Бутана, который, по соглашению с Дели, делегировал центру вопросы обороны и международных отношений, остальные аспекты самоуправления оставляя за собой. Неру пугала перспектива выдвижения аналогичных требований другими регионами (Кашмир, Пенджаб), и он возражал против столь широкой автономии для Нагаленда. Скорая смерть Неру привела к затягиванию переговоров, а при новом премьере Лал Бахадуре Шастри они и вовсе зашли в тупик и были прекращены в 1966 г. Был арестован и выслан из Индии глава Баптистской церкви Нагаленда преподобный Скотт.