Ее дата рождения известна только примерно. Не сохранилось имя ее матери, лишь знаменитого отца — грека по происхождению, крупнейшего философа и математика Теона Александрийского, который и дал девочке образование. Около 400 года Гипатия начала сама читать лекции в школе своего отца. Женщины-философы были редкостью в Древнем мире, но всё же не чем-то из ряда вон выходящим. Их можно условно разделить на ранних и поздних последовательниц Пифагора. Первое из сохранившихся в истории имен — Феано (Теано) Кротонская, которая была ученицей, а затем женой самого Пифагора. Известны ее рассуждения о добродетели и бессмертии души. Характерно ее высказывание о том, когда женщина становится «чистой» после полового акта с мужем. Феано ответила, что в браке женщина и не «пачкается»; если же секс был не с мужем, то чистой ей уже не стать. Вероятно, на фреске Рафаэля «Афинская школа» изображенная рядом с Пифагором женщина и есть Феано. В «Диалогах» Платона упоминаются два имени — известная своей мудростью Аспазия Милетская, которая была женой Перикла, а в центральном диалоге «Пир» названа Диотима Мантинейская, которую упоминает Сократ. Однако Гипатия в глазах современников превзошла философов-мужчин, о чем пишет историк Сократ Схоластик в своем труде Historia Ecclesiastica:
«Она достигла таких высот познания, что превзошла всех философов своего времени».
Она исповедовала учение Платона, считавшегося тогда непоколебимым авторитетом наравне с Аристотелем. Неоплатоники почитали философию как некую религиозную тайну и, как выражалась сама Гипатия, «самой непоколебимой из всех непоколебимых вещей». Помимо узкого круга посвященных интеллектуалов, вслед за пифагорейцами Гипатия, вероятно, читала просветительские лекции и для широкой аудитории.
Гипатия нашла некий сдержанный образ, позволявший ей не вызывать большого шока в мужском обществе. Сократ это отмечает:
«По своему образованию, имея достойную уважения самоуверенность, она со скромностью представала даже пред лицом правителей; да и в том не поставляла никакого стыда, что являлась среди мужчин, ибо за необыкновенную ее скромность все уважали ее и дивились ей».
Гипатия не ограничивалась философией, а обучала также астрономии, математике, геометрии и музыке. Но эти дисциплины она считала лишь ступенькой к метафизическому познанию бытия. К сожалению, ни ее философские взгляды, ни математические достижения нам неизвестны: после ее трагической гибели все труды Гипатии были уничтожены. Но о ней сохранилось множество свидетельств, позволяющих утверждать, что ее репутация была выше, чем у всех александрийских философов-мужчин. Один из ее учеников, христианский богослов и философ Синезий, восторгался:
«Она была истинным проводником по тайнам философии».
Ей приписываются невероятные научные достижения. Возможно, Гипатия ввела в математику такие термины, как гипербола, парабола и эллипс, а также использовала необычный алгоритм для деления. Предполагается, что она усовершенствовала астролябию, приборы для измерения плотности воды и получения дистиллированной жидкости и планисферу — плоскость, на которую нанесена карта неба.
В XIX веке о Гипатии сложился миф как о языческой мученице, пострадавшей за свои убеждения. В фильме Аменабара, где Гипатию сыграла Рэйчел Вайс, она предстает атеисткой, разоблачающей религиозные догматы христиан. В действительности она сама была религиозной женщиной, только ее религией был неоплатонизм. Пострадала же она из-за вовлеченности в политику своего города. Местный префект Орест постоянно конфликтовал с местным же епископом Кириллом в духе лихих 90-х. В городе постоянно сталкивались вооруженные группировки. Благостные отшельники-христиане и светские язычники били друг другу морды, а потом и вовсе начали резать. Школа Гипатии поддерживала Ореста. Тогда о женщине-ученом, чтобы ослабить ее влияние на умы, стали распространяться дикие слухи: мол, она ведьма, занимается чародейством и колдует против нашего епископа. Однажды некие «люди с горячими головами», возможно, по наущению Кирилла, напали на нее на улице и зверски растерзали. Затем с позором протащили труп по улицам, как поступали только с бандитами, и сожгли останки.
Варварское преступление вызвало в просвещенной столице шок. Философы считались неприкасаемыми, поскольку были выше мирских дел. Отдельное возмущение вызвало и убийство женщины. Императорским указом Кирилл был отстранен от дел, хотя это было слабое утешение. Историк Пётр Преображенский указывал на лицемерие Церкви: