5(18) июня 1922 г. владыка Агафангел обратился к «архипастырям и всем чадам Православной Русской Церкви» с Посланием, разоблачающим «новую», или «живую церковь» и призывом управлять своими епархиями самостоятельно, «сообразуясь с Писанием и священными канонами», Через 10 дней владыку арестовали.
Нужен был компрометирующий материал. Тут-то (7 июля 1922 г.) и поступил в Ярославское ГПУ донос от тутаевского священника Андрея Немирова, лишенного сана митрополитом Агафангелом и епископом Вениамином. Он и восемь его единомышленников просили предать суду обоих иерархов, писали, что епископ Вениамин — «это не архиерей, а палач», который «в речах своих явно и косвенно давал понять всем, что советская власть — безбожная власть».
Система осведомления или доносительства, внедряемая в «массы» большевиками с первых дней Советской власти, действовала и в Церкви, как то явственно следует из доклада начальника 6-го отделения секретного отдела ГПУ Е. А. Тучкова от 27 февраля 1924 года:
«Осведомление, которое создано за этот прошлый год по церковникам, вполне отвечает тому, чтобы сохранить негласное руководство церковью в наших руках, конечно, при условии, если будут даны соответствующие средства для их содержания».
Политика карательных органов в отношении Церкви всегда носила двоякий характер: во-первых, физического уничтожения всех твердо стоящих в старом православии (расстрелы, пытки, по своей жестокости превосходящие средневековые, тюрьмы, ссылки, лагеря); во-вторых, духовного ослабления Церкви изнутри путем обновленчества, раскола и создания системы «осведомления», с тем, чтобы Русская Церковь оставалась православной как бы внешне, где всё есть: епископы, митрополиты, церковные обряды, но «негласное руководство церковью в наших руках…»
В 20-е годы средоточием этой карательной политики стала фигура Ярославского митрополита Агафангела, претерпевшего и тюрьмы, и ссылки, и льстивое обольщение к союзу с обновленцами — «живцами», к признанию новой церковной власти. В одном из доносов на митрополита Агафангела (Толга, весна 1922 г.) осведомитель пишет:
«Доношу до Вашего сведения слова епископа Иова, который приехал к Агафангелу. <…> Иов сказал: какие бы пытки ни были, но я не пойду по новому пути, а останусь твердо на старом. Потом он передал Агафангелу, что епископ Симбирский отстранен, Саратов и Казань держатся твердо, и также епископ Уральский стоит твердо.
Потом Иов спросил Агафангела: «Правда ли, что вы тоже отстранены?» Он сказал ему, Иову: «Ну да еще…» Потом замялся и больше ничего не сказал. В заключение Агафангел одобрил Иова, что он твердо стоит за старый церковный порядок и при прощании благословил на дальнейшую твердость».
«Состоя митрополитом Ярославской епархии, — было предъявлено обвинение владыке Агафангелу, — использовал Церковь против существующей власти, <…> распространял воззвание Тихона, боролся с обновленческим течением в Церкви…»
Из Ярославля владыку вытребовали в Москву, на Лубянку.
«Самому смелому» было уже 68 лет, за полгода пребывания в тюрьмах здоровье его сильно пошатнулось, и владыка просит не отправлять его в Сибирь, так как он болен и не имеет теплой одежды. Его отправляют в Нарымский край по этапу с уголовниками, в глухой поселок Колпашев.
В Томске на этапе к владыке присоединяется его двадцатилетняя племянница Аля. В семейном архиве сохранился листочек, написанный рукой Алевтины Владимировны — «Зимний путь в 1923 году», где перечислены названия 16 деревень и возниц, которые доставили митрополита Агафангела и его племянницу на санях от Томска до Колпашево.
«Так угодно Богу, чтобы именно на твою долю выпало трудное и тяжелое путешествие в Сибирь и счастье разделить с Преосвященным его изгнание», — пишет в письме к Але ее тетка.
После окончания срока ссылки в 1926 году митрополит Агафангел, вернувшийся в Ярославль, поселился сначала в деревушке под Толгой, а через некоторое время — в небольшом домике по ул. Университетской, бывшей Никитской (ныне угол Салтыкова-Щедрина и Вольной, здесь построен детский сад), где и провел последние месяцы своей жизни. Племянница Аля ухаживала за тяжело больным владыкой до самой его смерти. Ему предстояло принять на себя еще один удар, изощреннейшее искушение — отказаться от законных прав на управление Русской Церковью, уступив ради церковного мира права Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Сергию, с которым владыка Агафангел весьма расходился во взглядах.
Особенно проявилось это расхождение после издания митрополитом Сергием Декларации от 16(29) июля 1927 года, которую ярославское духовенство во главе с митрополитом Агафангелом категорически не приняло, усмотрев в ней отступление от канонов Православной Церкви.