Спустя два года после его возвращения из Рима пришло известие о том, что по указу императора казнен Рустик, один из римских слушателей Плутарха, издавший похвальное слово опальным стоикам Фрасее Пету и Гельвидию Приску, где назвал их мужами непорочной честности. Одновременно из Рима были изгнаны все философы, в том числе Христостом и Эпиктет, а также несколько сенаторов, осмелившихся напомнить об ответственности правителя перед Мировым нравственным законом. Было казнено также несколько человек, подозреваемых в приверженности к восточным религиям, а затем Домициан, не считая нужным больше сдерживаться, начал изгонять и обрекать на смерть по любому поводу. Как писал об это впоследствии Светоний, «Гермогена Тарсийского за некоторые намеки в его „Истории“ он тоже убил, а писцов, которые ее переписывали, велел распять». Несколько сенаторов были казнены по обвинению в подготовке мятежа, другие были убиты под самыми пустяковыми предлогами. Так, один из этих несчастных был умерщвлен за то, что назвал своего раба Ганнибалом. Императорский гнев докатился и до провинции: жестоко было подавлено возмущение родоссцев, недовольных произволом римской администрации, к тому же известных своей приверженностью к философии.
Для Плутарха все это служило еще одним подтверждением обреченности любого неповиновения властям и иллюзорности восстановления хотя бы части гражданских свобод. Это только подтверждало правильность его собственной позиции: делать то, что в его силах, способствуя улучшению того мира, в котором им выпало жить, потому что другого не было. К этому времени у него была своя философская школа в Херонее, его «маленькая Академия», и он надеялся, что воспитанные им ученики продолжат его дело — сохранять и поддерживать то, что еще оставалось от Эллады.
Стремясь открыть ученикам мир невидимого и постижимого лишь разумом, научить их не только понимать заветы великих философов прошлого, но главное — жить согласно эти заветам, Плутарх пишет несколько специальных сочинений, своего рода указаний к чтению и изучению. Так, в указании «О том, как следует слушать лекции», посвященном некому Никандру, он дает пространные советы относительно того, как приступать к серьезным занятиям философией, как следует изучать этот предмет. Характерные образы схолиархов и учеников из этого сочинения как бы продолжают психологические портреты Феофраста.
Прежде всего Плутарх проводит принципиальное различие между настоящими учителями философии и софистами. Это различие давно уже стерлось для его современников, привыкших приобщаться к расхожей, поверхностной мудрости не в философских школах, а на площадях, где заезжие краснобаи развлекали провинциалов радужным пустоцветьем искусственных словосплетений. Философ обращается к душе человека, объяснял своим слушателям Плутарх, стремясь подвигнуть его к добродетели и тем самым помочь выжить, а софист, сам ничего не имея за душой, лишь вносит сумятицу в умы своих слушателей. Он советует Никандру (один из его учеников, а может быть, всего лишь обобщенный образ его слушателей и последователей) прежде всего сохранять чистоту помыслов, помня о том, что «следовать велениям божества и подчиняться голосу рассудка — это одно и то же». Философия у Плутарха — это прежде всего этика, и он учит молодых людей, как им следует поступать при тех или иных обстоятельствах. И прежде всего он советует им быть внимательными, скромными и терпеливыми, поскольку «молчание во всех случаях является надежным украшением молодого человека, но особенно, когда он слушает другого». «Как пришедший на званый обед, — прибегает Плутарх, как обычно, к простому житейскому сравнению, — должен есть, что ему подают, не разбирая придирчиво вслух каждое блюдо, так и допущенный к пиршеству мысли должен в молчании внимать говорящему, как бы это ни казалось ему новым и странным». Плутарх учит, как задавать вопросы и сносить без обид замечания схолиарха, как посредством упорного труда достигнуть, наконец, такого состояния, когда знание философии начинает приносить ни с чем не сравнимые по полезности плоды.