Ученые с борта глубоководного аппарата «Пайсис» проследили эти протяженные разломы до самого дна Байкала. Каньоны опускаются до дна, многие из них разветвляются и заканчиваются подводными осыпями. Один из узких каньонов, шириной от 2 м, расположен с восточной стороны острова Ольхон, южнее мыса Ижимей. Проплывая между близкими стенками скал, местами можно дотронуться пальцами до противоположных стенок. Необычность каньона в том, что он совершенно прямой и после 100 м глубины уходит в неизвестность. По образному свидетельству аквалангистов, при погружениях они испытывают чувство невесомости, как у космонавтов. Каньон находится рядом с наибольшей глубиной Байкала – 1637 м и примечателен отрицательным свалом на больших глубинах. На его стенах обитает много бычков, и здесь можно наблюдать до 30 видов этих рыб. До 20-метровой глубины стенки каньонов украшают ветвистые кусты губки Любомирского, иногда растущие перпендикулярно отвесной стене. Эта губка встречается в Байкале повсеместно до самого дна, но наиболее густые ее заросли наблюдаются в Ольхонских Воротах, возле острова Огой в Малом Море, локальные места густого произрастания обнаружены около Б. Котов (Варначка падь), между мысами Ижимей и Ухан (высота губки более 2 м).
Еще один вертикальный свал находится напротив р. Ледяной, между мысами Северный Кедровый и Елохин на побережье Байкало-Ленского заповедника. Эта река получила свое название из-за наледей и снега, встречающихся в ее долине и по берегам даже летом. Несмотря на обрывистость свала, на нем много губки. На 110 метрах он переходит в крутой уклон.
Напротив горы Скрипера, севернее пос. Б. Коты, имеется живописная подводная горная система с отдельно стоящими близко друг к другу вершинами, с глубокими каньонами между ними, здесь имеется несколько гротов. Напротив устья р. Сенной есть огромный валун, застрявший в узком каньоне, под который можно поднырнуть на глубине 14 м и проплыть под ним до глубины 18 м. Подобное место с эффектными подводными скалами-перьями есть на восточном берегу в Баргузинском заливе напротив пос. Максимиха.
Выделяется красотой подводного рельефа бухта Ая и губа Фролиха на Северном Байкале. На дне губы находится много крупных подводных камней, опасных для плавания судов. Это результат опускавшегося 10–12 тыс. лет назад ледника с Баргузинского хребта. По мнению ученых, во время ледникового периода Фролихинский ледник был одним из самых мощных на Байкале. Его протяженность была от 30 до 50 км, и мощность у самого конца языка составляла около 80—100 м. Подводные валуны в бухте Ая превышают высоту 4 м, просторно разбросаны по дну, как в японском саду камней, между крупными можно свободно плавать аквалангистам. Камни лежат до самой кромки подводного обрыва, некоторые из них расположены на самом краю, что создает иллюзию, будто можно с помощью небольшого усилия скатить их вниз по подводному склону. Аналогичный подводный пейзаж с крупными 4-метровыми валунами можно наблюдать у южной оконечности полуострова Святой Нос на входе в Баргузинский залив.
Байкальский лед напоминает арктические айсберги. Фото «БайкалТэк»
Неповторимое по красоте дно отмечается подводниками на мелководье около Ушканьих островов. На острове исследованы два жерла древних вулканов с остатками лавового потока, предполагают, что эти вулканы связаны со становлением Байкальской рифтовой впадины и извергались задолго до образования озера. Следы вулканической деятельности можно увидеть и под водой. Южнее Большого Ушканьего острова сплошным покровом лежит на дне пузырчатая базальтовая порода, излившаяся в древности из вулканов. Это единственное место на Байкале, где обнаружены подводные лавовые поля. Если на поверхности, на пляжах Ушканьих островов и в северной части Ольхона, базальтовая порода хорошо окатана волнами, то под водой она находится в первобытном виде – с острыми краями и рваными гранями. Глубина здесь небольшая, около 3—12 метров, проходит много солнечного света, и лавовое поле отлично обозревается. На глубинах до 5 м приметны хорошо освещенные огромные глыбы белого мрамора высотой до 3–4 м. Немного севернее, между Большим Ушканьим островом и Малыми островами, обращает на себя внимание ровная белая мраморная площадка. Но о самом интригующем объекте в этом районе, видимом на дне под водой в солнечную погоду, сообщил ледовый капитан А. Бурмейстер. На глубине около 12 м к востоку от Ушканьего острова покоится на дне загадочный 1,5-метровый шар, отличающийся более темным цветом от окружающей коренной породы. Лежит он в воронке с характерным круглым валом выброса светлой гальки по периметру, что наталкивает на предположение о его метеоритном происхождении. Этот объект ни учеными, ни подводниками еще не исследован.