Непропорциональная реакция, вызванная этим первым сообщением о гелиоцентрической модели, заставила Ретика перенести чисто тригонометрические аспекты книги «О вращении небесных сфер» в отдельную публикацию под названием «О сторонах и углах треугольников» (De lateribus et angulis triangulorum). Текст был опубликован в Виттенберге в 1542 году с эпиграммой епископа Дантискуса в качестве предисловия.
Получить поддержку Дантискуса для этого геометрического трактата было непростой задачей. В это время епископ издал порицание против обладателей лютеранских книг; казалось, что терпимость между католиками и реформистами истощалась, и тут главный соратник Коперника, Ретик, сам оказывался еретиком. Молодой ученик хорошо понимал, что на горизонте вырисовываются сложности с публикацией книги. Судя по всему, Ретик, чтобы избежать возможных теологических проблем, воспользовался контактами в Виттенберге и Нюрнберге.
Коперник же был очень болен и продолжал решать проблемы, возникшие в связи с грозящим ему статусом еретика. В 1542 году, за год до публикации «О вращении небесных сфер», он написал письмо папе Павлу III, большому поклоннику астрономии, в котором просил дать охранную грамоту для себя самого и книги. Он писал, что папа «сможет своим авторитетом и здравым смыслом сдержать нападки клеветников».
Ретик поручил публикацию Андреасу Озиандеру, протестантскому издателю и теологу, который, судя по всему, тоже ощущал угрозу, связанную с изданием и распространением книги. Поэтому без согласия Коперника он добавил анонимное предисловие под заголовком «О предположениях, лежащих в основе этой книги» (Ad lectorem de hypothesibus huius operis), с помощью которого надеялся снять с себя ответственность. В предисловии Озиандер заявлял, что новая теория — лишь математическая схема. Он писал буквально следующее: «Нет необходимости, чтобы эти гипотезы были верными или даже вероятными, достаточно только одного, чтобы они давали сходящийся с наблюдениями способ расчета». Таким образом, снова был использован трюк с разделением математических предсказаний и наблюдаемой реальности.
В этом городе великий астроном прожил последние 33 года (с 1510 по 1543). Именно в этом соборе он и будет погребен после смерти.