Первые не вызывающие сомнений органические остатки были найдены лишь в отложениях следующей геологической эры - протерозойской (которая носит также название эозойской или алгонкской), то есть древнейшей эры жизни или эры зари жизни. Самая богатая протерозойская фауна была открыта в районе Больших озер в Канаде и в каньоне реки Колорадо в Аризоне (остатки трилобита, гиолита и плеченогого, след какого-то пресмыкающегося животного и своеобразная CHUARIA). Другие остатки, относящиеся к протерозою, были найдены в районе Ньюфаундленда (ASPIDELLA) и штата Монтана (следы червей, которые были описаны под названием HELMINTHOIDICHNITES, остатки ходов червей, названных PLANOLITES, а также части хитиновых панцырей членистоногих, названных BELTINA) . Этот мир животных протерозоя Северной Америки дополняют не вполне достоверные остатки медуз и кремниевых губок. Из европейской фауны протерозоя известны остатки фораминифер и губок, которые были обнаружены в углисто-кремниевых сланцах близ Сен Ло в Бретани, известковые стебли морских лилий близ Сен Туриала, доломитовые остатки кишечнополостных близ Суоярви в Финляндии (напоминают вымершие четырехлучевые кораллы и известны под названием CARELOZOON JATULICUM), остатки фораминифер близ села Дьяблице в Чехословакии и т. п. В последнее время в Австралии были сделаны заслуживающие большого внимания находки (например, были найдены остатки своеобразного древнего членистоногого PROTADELAIDEA) . Наиболее распространенным организмом протерозоя был CRYPTOZOON WALCOTTI, представляющий собой клубок концентрического пластинчатого строения; по всей вероятности, это клубки каких-то водорослей, окончательно вымерших только в силуре. Само собой разумеется, что фауна протерозоя была гораздо богаче и разнообразнее, чем может показаться из приведенного перечня. На основании того, что в отложениях этого времени найдены остатки даже высоко развитых беспозвоночных (например, членистоногих и иглокожих), можно сделать вывод, что в протерозое животный мир уже прошел длинный путь развития и что в настоящее время можно охватить только незначительный отрезок последнего этапа развития. О разнообразии и богатстве фауны протерозоя свидетельствует также и то обстоятельство, что уже в самом начале следующей геологической эры - палеозойской - в морях кембрия встречаются все указанные выше животные организмы в таком разнообразии, которое заставляет предполагать, что организмы прошли длительное развитие.
Вопрос о том, почему мы так мало знаем о животном мире протерозоя, поднимался неоднократно. Изменения, которые претерпели горные породы, уже не играют такой важной роли, как прежде. Я. А. Кларк видит главную причину бедности сохранившихся органических остатков в том, что у большинства протерозойских организмов отсутствовали твердые защитные покровы (раковины, панцыри), а также опорные скелеты. Седергольм, наоборот, утверждает, что воды протерозойских морей содержали большое количество углекислого газа, вследствие чего после смерти организмов растворение содержащих известь раковин, панцирей и скелетов шло гораздо быстрее, чем в более поздние времена и чем сейчас.
Однако ни первое, ни второе объяснения причины бедности протерозойских отложений ока-менелостями не являются вполне удовлетворительными; этот вопрос до настоящего времени полностью еще не решен.