За исключением некоторых деталей, отличающих один курган от другого, устройство их одинаково. Бревенчатая погребальная камера площадью от 9 до 24 квадратных метров и высотой от 1,2 до 1,9 метра напоминает рубленый дом. Пол этой камеры настлан из толстых плах, бревенчатые стены, как правило, выводились двойные, двойным был и бревенчатый потолок. Потолок камеры покрывался в несколько слоев берестой, затем ветками кустарника курильский чай, в некоторых случаях, кроме того, корой лиственницы. По обе стороны стенок (северной и южной) погребальной камеры ставились три пары столбов, в корытообразные выемки которых были положены три толстые балки. Цель последних была предохранить погребальную камеру от давления вышележащих настилов из бревён и навала из камней и земли.
Внутри погребальных камер, у южной стенки, стояли выделанные из целого дерева саркофаги-колодцы длиной до 5 метров и диаметром да метра, с крышкой соответствующих размеров. Наружная поверхность колод в первом кургане была украшена радами вырезанных из кожи изображений петухов, а во втором — оленей. В северной половине камеры были расставлены различные вещи, принадлежавшие погребённым.
За погребальной камерой, в северной части могильной ямы, на её дне или на некоторой высоте от дна были положены трупы лошадей с упряжью и другими вещами.
Верхняя половина ямы, как уже отмечено выше, заполнялась бревнами, большими камнями, наконец, землёй. Сверху насыпался небольшой земляной холм, поверх которого наваливался более или менее мощный слой угловатых камней со щебнем и речной галькой.
Горный Алтай расположен вне зоны сплошного распространения вечной мерзлоты. Её нет в открытых степных долинах типа Пазырыкской. Тем не менее под всеми пятью большими курганами оказалась вековая курганная мерзлота, залегающая до дна могильных ям и даже глубже, но не выходящая за пределы каменной наброски.
Специальные исследования показали, что мерзлый грунт под каменной наброской курганов образовался в течение ряда лет после сооружения курганов в результате сурового высокогорного климата и тех особых микроклиматических условий, которые получались вследствие особой конструкции курганов благодари каменной над ними наброске и пустот как в камере, так и между камнями и брёвнами навала в могильной яме.
Вековая мерзлота сохранила на тысячелетия не только самые разнообразные вещи, но и тела погребенных людей и трупы захороненных коней.
Целый ряд обстоятельств крайне затруднял раскопки Пазырыкской группы курганов, обстоятельств, в известной мере обусловивших многолетний перерыв после первых наших раскопок в 1929 году. Тогда в Улаганский район можно было пробраться только верховой тропой со стороны Телецкого озера или с Чуйского тракта; со стороны последнего также только верховой тропой, через Айгулакскнй перевал. К 1947 году от Чибита на Чуйском тракте до места раскопок, с преодолением некоторых трудностей, уже можно было проехать на грузовом автомобиле. Долина Пазырык находится в редконаселенной местности, вдали от поселков, и работы в ней должны были вестись в лагерной обстановке. В долине нет воды, и её необходимо было доставлять с реки Балыктыюл вьючным путем, преодолевая значительный перевал. Нелегко было получить и необходимую рабочую силу.
Работа велась в необычных для археологических исследований условиях, в мерзлом грунте, который при оттаивании превращался в жидкую грязь, к тому же таяние шло крайне медленно, В середине августа обычно начинались уже ночные заморозки, которые вынуждали для оттаивания грунта прибегать к нагретой воде. Работа осложнялась также наличием в ряде курганов крупных валунов в несколько тонн весом, извлечение которых при отсутствии механических приспособлений было делом нелегким. Наконец, так как курганы еще в древности были ограблены, не было полной уверенности в том, что затраченный труд будет оправдан полученными результатами. И действительно, погребальные камеры всех, за исключением втор ого, курганов оказались почти полностью опустошенными грабителями. Тем не менее и то, что сохранилось, особенно в конских захоронениях, не тронутых грабителями, вознаградило нас за все труды, затраченные на исследование этой замечательной группы курганов.
Как установлено, все курганы в момент их ограбления были уже оледенелыми. Вода, проникшая в камеру второго кургана, замерзла, и на полу её образовался слой льда высотой от 20 до 40 сантиметров. Остальные курганы в то время были совершенно свободны ото льда, и все они наполнились водой, превратившейся в лед, только после ограбления. От людей, захороненных в третьем и четвёртом курганах, остались только скелеты. Напротив, тела погребенных в курганах втором и пятом мужчин и женщин сохранились хорошо, что явилось фактом первостепенной важности.