При всей своей лояльности к власти вообще и крайней осторожности в личных контактах, Ипатьев не смог избавиться от дурной привычки мыслить «не по чину» по-государственному и отстаивать собственное мнение по вопросам, в которых являлся безусловным авторитетом, перед случайными некомпетентными выдвиженцами, которым партбилет заменял и ум, и честь, и совесть. Он наивно полагал, что главное — не вмешиваться в политику и «честно исполнять свои обязанности перед родиной», а что у гражданина в душе — его личное дело:
«Недостаток симпатии к тому или другому правительству не есть еще преступление, и в действительно свободной стране каждый гражданин имеет право критиковать действия своего правительства. Ведь, если судить интеллигенцию, людей, воспитанных при старом режиме, за то, что они, критикуя большевиков, в кругу своих единомышленников порицают советскую власть, то на основании всего того, что мне пришлось слышать от многочисленных моих знакомых, большевикам следовало бы уничтожить поголовно всех образованных людей и владычествовать над необразованным и совершенно неразвитым в политическом отношении народом. За то, что кто-либо не симпатизировал самодержавию в России и даже высказывал вслух свое отрицательное отношение в тесном кругу своих знакомых к такому образу правления, царское правительство не подвергало это лицо какому-либо преследованию. Сильная власть, опирающаяся на действительное большинство народа, не боится критики, ибо понимает, что без оппозиции жить нельзя, и власть должна слышать правду, исходящую от народа, который ее установил».
В итоге русский химик-органик № 1 отправился поднимать химическую промышленность США и тем спасся — именно его пророчили в руководители очередного «заговора».
Профессора Е.И. Шпитальского приговорили к расстрелу с заменой 10 годами тюремного заключения, его жену выслали из Москвы, двоих несовершеннолетних детей отдали родственникам («вредительские» котлы для производства иприта демонтировали и спустя три года заменили новыми, «пользительными», правда, они оказались «неудачными»: протекали отравой в непредусмотренных конструкторами местах). Аналогичный приговор выписали профессору А.А. Дзержковичу, большому энтузиасту «гуманной химической войны», и члену коллегии Главного химического управления ВСНХ профессору В.П. Кравецу; Ипатьевского любимца Г.Г. Годжелло расстреляли.
Примеру Ипатьева последовал еще один выдающийся ученый-химик, организатор фармацевтической промышленности, академик А.Е. Чичибабин, который, похоронив «гордые мечты» в борьбе с «партийным командованием», решил остаться во Франции. В ответ на призывы «родины» вернуться Алексей Евгеньевич писал в Академию наук:
«Даже в самые последние годы моего пребывания в СССР, когда, казалось, я был общепризнанным большим ученым, для своих работ я имел архаическую лабораторную обстановку, тогда как другие получали дворцы и много валюты для приобретения современной литературы…
Блестяще начатые еще до революции работы с нефтяными кислотами, которые при надлежащем развитии могли бы дать ряд ценных для СССР результатов, не получили никакой поддержки. Мои скромные ходатайства о поддержке, вероятно, не сохранились в соответствующих учреждениях даже под сукном, куда их обыкновенно укладывали. И немецкий ученый (Браун) имел большой успех, сделав часть из намеченных мною работ, тогда как, смею утверждать, при благоприятных условиях мы бы к этому времени успели сделать гораздо больше.
Еще более блестяще были начаты исследования дубильных экстрактов работой с экстрактами Бадана. Работы эти не только не получили поддержки, но и людской материал, приобретший ценные навыки в этом деле, был рассеян. И от моей гордой мечты создать в СССР столь нужную для него школу исследователей дубильных веществ остались лишь рожки да ножки.
Мои работы по алкалоидам до такой степени мало пользовались поддержкой, что, вероятно, почти никто уже не знает, что родоначальником производства алкалоидов являюсь я; и думаю, что и история не вспомнит этой моей роли; а страна, не проявившая своей благодарности поддержкой работ нашей лаборатории, не вспомнит и не проявит благодарности и в будущем…
В первые годы моего пребывания здесь я обращался на родину с просьбами о материальной поддержке. Почти все мои просьбы не только не получили удовлетворения, но даже остались без ответа. Без ответа остались и мои пожелания найти здесь работу для СССР. Теперь я нашел здесь, на чужбине, скромные, но достаточные условия для научной работы, более спокойные и при всей скромности даже более удобные, чем те, которыми я располагал в СССР… Но какой смысл не только для меня, но и для СССР, если остаток своей жизни я истрачу, хотя и на родине, на усилия добиться возможности работать?»
Не имея способа привлечь к ответу академиков, «продавшихся империалистам за тарелку чечевичной похлебки», «родина» лишила их гражданства, пожизненно запретила въезд в пределы СССР и разжаловала в рядовые аспиранты.