Кокандцы медленно отходили к Сырдарье, на левом берегу которой стояла их крепость Махрам. Сильно надеялись на эту свою твердыню кокандцы. Махрам, обнесённый высокой глиняной стеной, стоял на береговом холме, опоясанном глубоким рвом. Этот ров в свою очередь обведён был земляным валом, из-за которого глядели на подступавших жерла двадцати четырёх орудий. Перед валом расстилалось болото, топкое и вязкое. Генерал Кауфман, осмотрев крепость, нашёл, что штурм её с фронта стоил бы слишком больших потерь. Он отправил Скобелева, чтобы обойти Махрам с фланга, а свою пехоту пустил с тыла. В то же самое время русские пушки принялись громить крепость... Защитники Махрама увлеклись артиллерийским боем, а тут незаметно подошедшие пехотинцы с громовым «ура!» ворвались на вал и начали штыками выбивать его защитников. Прошло ещё немного времени, и «ура!» разлилось уже в самой крепости. Охваченные паническим ужасом, кипчаки кинулись огромной толпой в бегство, но едва выбрались они из крепости, как на них обрушился со своими казаками Скобелев. Казаки врубились в самую гущу неприятеля. Сверкали шашки, изредка раздавались выстрелы; русские и кокандцы перемешались. Под Скобелевым была убита лошадь, самого его какой-то кипчак полоснул саблей по колену. Рядом со Скобелевым был убит наповал хорунжий уральского полка Хорошкин. Казаки разгорячились так, что не отставали от бежавших, пока в нескольких верстах не наткнулись на огромное скопище неприятеля, спешившее на выручку Махраму. Они были бы раздавлены этой массой, но Скобелев, мгновенно сообразивший все обстоятельства, приказал следовавшей за его казаками ракетной батарее отпугнуть неприятельские толпы ракетами и благодаря этому отошёл к главным силам без потерь.
В сражении под Махрамом Михаил Дмитриевич заслужил, и навсегда уже, уважение Кауфмана. Туркестанский герой снял со своей груди Георгиевский крест и сам прицепил его к мундиру храбреца...
С тех пор и до конца своей жизни Кауфман оставался другом Скобелева.
Поражение под Махрамом нанесло сильнейший удар кокандцам, но не усмирило их. Однако они на первых порах рассеялись, и генерал Кауфман без боя занял сперва столицу ханства Коканд, а через несколько дней и другой важный город — Маргелан. Но Абдурахман-автобачи продолжал оказывать русским упорнейшее сопротивление, и Кауфман сформировал «летучий отряд» для уничтожения бродивших по всему краю шаек. Командование этим отрядом он поручил Скобелеву. Главным средством борьбы тут была скорость передвижения, и Скобелев быстро нашёл способ как двигаться вместе с пехотой так, чтобы и пехотинцы не отставали от кавалеристов. Способ был придуман простой, не требовавший затрат и в то же время представлявший множество удобств. Скобелев взял да и посадил пехотинцев на арбы. Так и гонялся он с ними за кокандцами, в лихих схватках рассеивая шайки Абдурахмана. Особенно жаркая схватка случилась у урочища Минг-Тюбе. «Халатников» — так прозвали русские кокандцев — было много, но скобелевцам удалось не только разогнать их, но и захватить всё их оружие. Так «летучий отряд» дошёл до города Ош и уже оттуда вернулся в Маргелан. Ханство казалось успокоенным, и по мнению генерала Кауфмана русским уже нечего было делать в нём. 22 сентября заключили мир, по которому к русским отошли все земли по правому берегу Сырдарьи. Из этих новоприобретённых земель образован был Наманганский отдел, и начальником его назначили Михаила Дмитриевича.
Сей поход имел для Скобелева большее значение, чем он и сам придавал ему.
Во время его Михаил Дмитриевич близко сошёлся с одним из его участников молодым капитаном генерального штаба Алексеем Николаевичем Куропаткиным, ставшим вскоре его сподвижником и другом.
Кауфман, понявший, что Скобелев далеко недюжинная натура, недаром оставил его в Намангане. Худояр-хан был отправлен в Россию и поселён в Оренбурге, а кокандским ханом стал преданный русскому государю Наср-Эддин-хан.
Но жив ещё был Абдурахман-автобачи, и как только туркестанские войска ушли из пределов Коканда, он снова поднял восстание, свергнул Наср-Эддина и провозгласил ханом своего друга Фулат-бека. Снова заволновался весь край. В Андижан со всех сторон ханства стали собираться толпы конных и пеших кипчаков и кара-киргизов. Появилось у них и оружие, нашлись и пушки. Волей-неволей опять пришлось посылать в Коканд отряд. Кауфман поручил его своему сподвижнику генералу Троцкому, а начальником его штаба назначил Скобелева.