Испросив разрешение у начальника края Кауфмана, Михаил Дмитриевич сформировал сильный отряд и пошёл с ним за Сырдарью. Этого кокандцы никак не ожидали. В зиме они видели лютого врага. Русские же — верного союзника. Редко где пробовали кокандцы оказывать сопротивление отряду. Они разбегались при приближении Скобелева. Скрепя сердце, русские разоряли жалкие селения беглецов, чтобы не было им куда возвратиться после ухода войск. Это была печальная необходимость, но ничего иного нельзя было придумать. Враг всё ещё оставался неукротимым. Разбитые и разогнанные в одном месте, кокандцы собирались в другом. Абдурахман-автобачи и Батырь-тюря действовали с несокрушимой энергией. Они успели собрать у Андижана свыше 20 тысяч кипчаков, укрепили город и приготовились к отчаянному сопротивлению. Скобелев со своим отрядом, доходившим численностью до 2800 человек, явился к Андижану. Дважды он предлагал кипчакам сдаться, обещал помилование и забвение прошлого. Упорные полудикари отвечали на предложения насмешками. Тогда заговорили русские пушки. Чугунный град посыпался на несчастный город. Рухнули непрочные глиняные стены, запылали высохшие под палящим солнцем жилища и вместе с тем на город двинулась стройными, грозными колоннами русская пехота, а позади её во всех направлениях вытянулись казачьи сотни, приготовившиеся к преследованию неприятеля... Недолог был бой. Победный клич русских загремел в городе. Андижан был взят, однако эта победа ещё не довершила собой дела. Скопище кокандцев рассеялось, вожди же всё-таки успели бежать, и, несмотря на понесённое поражение, собрались они в нескольких переходах от Андижана около городка Ассаке. Скобелев Андижан бросил. Он посадил пехоту на арбы и понёсся со всем отрядом к новому убежищу неприятеля. Переходы были пройдены с такой быстротой, что кипчаков застали здесь врасплох. Они стояли на высотах, и в руках другого воинства позиция их была бы очень сильной. Но Скобелев знал, с кем имеет дело. Прямо с марша он повёл своих солдат в бой. Кипчаки сопротивлялись с мужеством погибающих, но все их усилия были напрасны. Русские обошли их и с флангов, и с тыла. Гибель всего скопища была неизбежна, это поняли и оба вождя Абдурахман и Батырь-тюря. Они преклонились перед неизбежным и сдались с остатками своих полчищ на милость победителя...
Талант полководца сломил силу... Абдурахмана отправили в Екатеринославль. Спустя месяц после победы при Ассаке Коканд был занят войсками Скобелева вторично. В промежуток полковник Меллер-Закомельский и начальник его штаба капитан Куропаткин, посланные Скобелевым против последнего вождя кокандцев Фулат-бека, дважды разгромили кипчаков и его самого захватили в плен. 19 февраля 1876 года Кокандское ханство было навсегда присоединено к России и преобразовано в Ферганскую область.
Высочайшей волей победитель кокандцев Михаил Дмитриевич Скобелев был назначен первым генерал-губернатором этих новых русских владений в глубине Средней Азии.
На первых же порах своей новой деятельности Скобелев проявил выдающиеся административные способности. Доселе он с полудикарями-кокандцами действовал оружием, громил их полчища, сжигал их кишлаки, разрушал их города, теперь он принялся действовать добром и лаской. Скобелев был доступен для всех, кто бы ни приходил к нему. Обиженные находили в нём защитника, обидчики — строго, но не лицеприятного судью. Он старался продемонстрировать, что на суде и туземец, кипчак или киргиз, и свой, русский, одинаковы. В то же время Скобелев не действовал в разрез с установившимися обычаями. Он пользовался каждым случаем показать, что русские уважают старину побеждённых и пришли в их страну не за тем, чтобы переделать всё на ( вой лад, а с тем, чтобы дать возможность каждому спокойно заниматься мирным трудом. Поступая так, Скобелев быстро вселил и укрепил в населении новых русских областей убеждение, что с русскими лучше жить в мире, чем во вражде, и недавно буйное и мятежное население успокоилось, совершенно примирившись с потерей независимости.
Так было на всём севере Ферганы.