Главный вопрос, тревожащий Духонина, был в том, что он не знал, что же делать с заключенными в Быхове. Когда Временное правительство арестовало всех офицеров, участвовавших в Корниловском мятеже в сентябре 1917 года, оно поместило их в монастыре города Быхов, недалеко от Могилева, поручив их охрану Ставке. К моменту Октябрьского переворота все, за исключением пяти генералов – Л.Г. Корнилова, А.И. Деникина, А.С. Лукомского, И.Р. Романовского и С.Л. Маркова, были отпущены на свободу. Духонин понимал, что освобождение последних генералов будет приравниваться к началу войны с большевиками, которые испытывали страх перед Корниловым. В противном случае он оставляет своих коллег в руках врагов. Духонин мешкал с решением в этой сложной ситуации.
Заключение с самого начало было мифом. Текинский кавалерийский полк, находившийся в Быхове, был предан Корнилову и с радостью позволил бы бежать всем генералам, а по приказу мог даже попытаться арестовать Керенского. Но арестованные оставались в Быхове, надеясь, что их оправдает комиссия по расследованию. Удивительно, но они все еще колебались, даже когда большевики захватили власть.
Даже ветераны-антибольшевики, заключенные в Быхове, не понимали важности политических изменений, произошедших вследствие Октябрьской революции. Они продолжали верить в возможность продолжения войны с Германией и поэтому отказывались демонстрировать неповиновение, чтобы не показывать дурной пример армии. Генералы Ставки теряли дорогое время в ожидании освобождения своих предводителей: мысль ослушаться была для них неприемлемой.
Отношения между генералами в Быхове и в Ставке были неоднозначнымии. Теоретически, конечно, Духонин стоял выше Корнилова, но Корнилов пользовался таким уважением в Moгилеве, с которым Духонин не мог конкурировать. Офицеры в Ставке продолжали называть Корнилова Верховным, такой чести не удостаивался ни Керенский, действующий Верховный главнокомандующий, ни Духонин. С одной стороны, лишенные свободы ждали освобождения, а с другой – давали советы вышестоящему руководству, которые звучали как инструкции.
Корнилов настаивал на том, чтобы Ставка не сдавалась без боя, и давал следующие рекомендации Духонину:
Это письмо очень интересное, если учесть, что Корнилов был не в курсе дела и не понимал, что многие военные, на которых он возлагал большие надежды, не будут бороться с большевиками. Важно обратить внимание на тот факт, что в это время Корнилов обдумывал лишь военные действия, не имея никакого политического оружия против большевиков.
Лукомский посылал инструкции Духонину, предлагая немедленно перевести Ставку в Киев. Там личная безопасность офицеров будет надежнее, а борьба с большевиками может продолжаться. Эту идея одобрил Дитерихс, но к полному согласию прийти так и не удалось, и Ставка продолжала бездействовать в самые решающие дни.
Ссора между Ставкой и большевиками произошла на почве разногласий по поводу мирных переговоров. Духонин не мог пойти на компромисс, а Ленин больше не собирался медлить. 20 ноября Ленин отдал приказ начальнику штаба начать мирные переговоры с врагом. Духонин, все еще не желающий давать категоричный отказ, получил два дня на обдумывание серьезных вопросов. Но затем он окончательно заявил, что не собирается принимать участия в переговорах на мирной конференции, что сделало его отставку неизбежной. Ленин назначил прапорщика Н.В. Крыленко Верховным главнокомандующим, Крыленко моментально собрал небольшой отряд, состоящий преимущественно из моряков, и направился в Могилев с целью захвата Ставки.