Советское руководство пыталось удержать Израиль в орбите своего влияния помощью оружием и беспрецедентным предложением переселить палестинских арабов-беженцев (свыше 500 тысяч человек) в советскую Среднюю Азию и создать там арабскую союзную республику или автономную область. Такое предложение осенью 1948 года сделал советский представитель в Совете Безопасности ООН Д.З. Мануильский. Однако все это не вызвало ожидаемой реакции. Особую настороженность властей вызывала готовность многих советских евреев переселиться на историческую родину или отправиться добровольцами на войну израильтян с арабами. Все это было расценено как измена социалистической Родине.
Еврейский «национализм», как и в случае с другими наказанными народами, было решено покарать. 28 ноября 1948 года Политбюро ЦК постановило «немедля распустить» Еврейский антифашистский комитет. По «делу ЕАК» были арестованы 14 членов его президиума и активистов. В их число входили поэты Д.Р. Бергельсон, Л.М. Квитко и П.Д. Маркиш; С.Л. Брегман, заместитель министра Госконтроля РСФСР; В.Л. Зускин, занявший пост Михоэлса в еврейском театре; И.С. Фефер, секретарь ЕАК; Б.А. Шимелиович, главный врач Центральной клинической больницы им. Боткина; академик Л.С. Штерн, руководившая Институтом физиологии Академии медицинских наук; И.С. Юзефович, младший научный сотрудник Института истории АН СССР. Аресту подверглись также бывший заместитель министра иностранных дел и начальник Совинформбюро С.А. Лозовский, отвечавший за работу комитета по линии государственных структур, и П.С. Жемчужина, жена Молотова, оказывавшая протекцию комитету.
B.C. Абакумов проявил медлительность в организации расследования «дела ЕАК». (Оно было завершено уже без его участия летом 1952 г.) Появились подозрения, что делает он это намеренно. Такое предположение было высказано 2 июля 1951 года в письме следователя по особо важным делам МГБ СССР М.Д. Рюмина на имя Сталина. Письмо готовилось с помощью аппарата Маленкова. В нем утверждалось, что Абакумов сознательно тормозил расследование дела «еврейского националиста», врача Я.Г. Этингера, которое якобы позволяло получить сведения о масштабной вредительской деятельности врачей.
Немедленно созданная постановлением Политбюро комиссия в составе Г.М. Маленкова, Л.П. Берии, заместителя председателя Комиссии партийного контроля при ЦК партии М.Ф. Шкирятова, нового министра госбезопасности С.Д. Игнатьева должна была проверить изложенные Рюминым факты. Так зародилось «дело врачей-отравителей», якобы погубивших членов Политбюро A.C. Щербакова и A.A. Жданова, намеревавшихся извести других высших руководителей страны и привести к власти B.C. Абакумова с заговорщиками из руководимого им министерства. Правдоподобность существования заговора подкреплялась показаниями арестованного заместителя начальника следственной части по особо важным делам МГБ полковника Л.Л. Шварцмана, оговорившего многих своих коллег по репрессивному ведомству и признавшегося в самых невероятных собственных преступлениях, включая ярый еврейский национализм, организацию убийства Кирова, гомосексуализм, инцест. Последние — в явном расчете на то, что его сочтут сумасшедшим. Однако судебно-психиатрическая экспертиза признала Шварцмана вменяемым. Часть его показаний была признана настолько существенной, что дело Абакумова впредь именовалось делом Абакумова — Шварцмана. «Донос» Л.Ф. Тимашук, по недавним еще представлениям якобы давший толчок «делу врачей», в свете нынешних знаний о событиях 1952 — начала 1953 года, никакого существенного значения не имел. Ее письма в МГБ и ЦК, в которых она отстаивала свой диагноз смертельного заболевания A.A. Жданова, как оказалось, — правильный, были использованы для дискредитации Н.С. Власика и А.Н. Поскребышева.
Для Сталина версия о заговоре в МГБ стала большой находкой. Используя жупел еврейского национализма и сионизма, можно было окончательно вытеснить с вершин власти В.М. Молотова, К.В. Ворошилова, A.M. Микояна, Л.М. Кагановича, A.A. Андреева и многих других деятелей, имевших родственные связи с еврейской средой.
Кадровые перестановки, оформленные после XIX съезда партии на пленуме ЦК КПСС 16 октября 1952 года, положили начало этому процессу. Если по решению предшествующего XVIII съезда в Политбюро было девять членов и два кандидата, а в секретариате четыре члена, то новый состав Президиума ЦК КПСС (такое новое название высшему органу партийной власти дал XIX съезд) включал 25 членов и 11 кандидатов, Секретариат — 10 человек.