Преследования комитета перешли в активную фазу со времени гибели руководителя ЕАК С.М. Михоэлса (13 января 1948 г.). Народный артист СССР, руководитель Московского государственного еврейского театра подозревался в том, что он пытался использовать дочь Сталина Светлану и ее мужа Г.И. Морозова в корыстных интересах советского и мирового еврейства. Особое негодование Сталина было вызвано тем, что по каналам еврейского комитета в США транслировались слухи о его виновности в гибели в 1932 года жены Надежды Сергеевны, других его родственников. В этой связи в конце 1947 года были арестованы сотрудники академических институтов И.И. Гольдштейн (институт экономики) и З.Г. Гринберг (институт мировой литературы), «изобличившие» родственников Сталина по линии жены — A.C. Аллилуеву, Е.А. Аллилуеву, ее второго мужа Н.В. Молочникова и дочь от первого брака К.П. Аллилуеву, как источник «клеветнических измышлений по адресу членов правительства». Михоэлс был «изобличен» как «еврейский националист» и распространитель этих измышлений.
По слухам, ставшим известными за рубежом, Надежда была якобы убита выстрелом в затылок, рану «видела» жена С. Орджоникидзе, обмывавшая покойницу. Брат Надежды Павел, командарм, начальник бронетанкового управления РККА, якобы не умер от разрыва сердца в ноябре 1938 года, а был отравлен из-за несогласия с арестами сотрудников управления. Станислав Реденс, муж сестры Надежды Анны, начальник УНКВД Московской области в 1933–1934 годах, затем нарком внутренних дел Казахской ССР, был якобы безвинно арестован в ноябре 1938 года и расстрелян. Михоэлс же, по показаниям И.И. Гольдштейна, давнего знакомого Е.А. Аллилуевой, не только вел националистическую И шпионскую работу под прикрытием ЕАК, но вникал во все детали взаимоотношений Светланы с ее мужем, для того чтобы «разработать правильный план действий» и информировать «друзей США, поскольку они интересуются этими вопросами». Интересные свидетельства о событиях вокруг Аллилуевых и Михоэлса содержат мемуары воспитанницы семьи П.А. Красикова, жертвы репрессий театроведа Л.А. Шатуновской «Жизнь в Кремле», изданные в Нью-Йорке в 1982 году, и монография Г.В. Костырченко «Тайная политика Сталина» (М., 2001).
С деятельностью Еврейского антифашистского комитета было решено покончить после приезда в Москву израильского посланника Голды Меерсон. (В 1956 г. она приняла фамилию Меир, означающую на иврите «озаряющая». В 1906 г. восьмилетняя Голда эмигрировала из России вместе с родителями, а с 3 сентября 1948 г. по 20 апреля 1949 г. пребывала в СССР в качестве посланника государства Израиль.) Произошло это после ряда восторженных встреч, которые были устроены советскими евреями (скорее всего, не без участия ЕАК) посланцу буржуазного государства, установившему сразу же после возникновения самые тесные отношения с враждебными Советскому Союзу США и остававшимися в сознании многих евреев «а голдене медине» (золотой страной). Например, И.С. Фефер, секретарь ЕАК, говорил о предстоящей в 1943 года поездке в США, что «наконец-то ему уже причитается немного блаженства — побывать в Америке».
Описывая настроения пятидесятитысячной толпы, встречавшей Голду Меерсон и ее спутников у синагоги в сентябре 1948 года, в день празднования еврейского Нового года, Меир отметила: «Евреи Москвы выразили свое глубокое стремление, свою потребность — участвовать в чуде создания еврейского государства». Такие же чувства выражались и в ходе последующих многолюдных встреч, в том числе и на приеме у В.М. Молотова по случаю годовщины революции. Супруга советского министра иностранных дел поразила израильскую посланницу и дружеской беседой на идиш, и особенно фразой «Их бин а идише тохтер» («Я дочь еврейского народа»). Открытая демонстрация таких чувств и потребностей самыми передовыми (по М.И. Калинину) борцами за Советский Союз, оказалась, видимо, большой неожиданностью для Сталина. Расследование показало, что в манифестациях участвовали не только московские евреи, но и приехавшие из самых отдаленных местечек СССР. Создавалось представление о существовании в стране неформальной организации с хорошей системой оповещения и возможностями в короткий срок собрать в одном месте десятки тысяч человек. Организация к тому же явно ориентировалась на западный мир. Все это, конечно, не предвещало для нее ничего хорошего. Г. Меир была вряд ли далека от истины, написав в книге своих мемуаров «Моя жизнь»: «В январе 1949 года стало ясно, что русские евреи дорого заплатят за прием, который они нам оказали».