Г.К. Жуков был отозван с руководящих постов в Германии, здесь его заменил возведенный в маршальское достоинство В.Д. Соколовский, а затем (с марта 1949 по март 1953 г.) генерал армии В.И. Чуйков. В марте 1946 года Жуков получил назначение на пост главнокомандующего сухопутными войсками Советской Армии и заместителя министра обороны СССР. 1 июня 1946 года состоялся разбор «дела Жукова» на заседании Высшего военного совета с участием маршалов Советского Союза и родов войск. Обвинения против Жукова поддержали члены Политбюро Г.М. Маленков и В.М. Молотов. Однако маршалы И.С. Конев, A.M. Василевский, К.К. Рокоссовский, хотя и отметили недостатки характера обвиняемого, ошибки в его работе, твердо стояли на том, что заговорщиком он быть не может. «Он патриот Родины, и он убедительно доказал это в сраженьях Великой Отечественной войны», — утверждал маршал П.С. Рыбалко. Обсуждение закончилось выводом Сталина: «А все-таки вам, товарищ Жуков, придется на некоторое время покинуть Москву». Внешне казалось, что Сталин не желал идти из-за маршала на конфликт с членами Политбюро.
3 июня 1946 года Г.К. Жуков был освобожден от должности главнокомандующего сухопутными войсками и получил назначение на пост командующего Одесским военным округом. Однако этим дело не закончилось. Против Жукова фабриковались новые обвинения. В феврале 1947 года он был выведен из числа кандидатов в члены ЦК, в январе 1948 года назначен на командование менее значимым Уральским военным округом. Сталин, сложивший с себя обязанности министра вооруженных сил, передал их H.A. Булганину (3 марта 1947 г.), затем A.M. Василевскому (24 марта 1949 г.). Последний исполнял их до марта 1953 года. Опала Жукова закончилась летом 1951 года, а на XIX съезде партии он был вновь избран кандидатом в члены ЦК КПСС.
Жертвами интриг после войны стали и другие представители генералитета, пользовавшиеся покровительством Жукова. Так, маршал Г.И. Кулик и командующий войсками Приволжского военного округа генерал-полковник В.Н. Гордов, которые за ошибки в годы войны понижались в званиях и должностях, после войны были изобличены как «сторонники реставрации капитализма в СССР». Кулик в январе 1947 года, в звании генерал-майора, был арестован, в июле 1950 года расстрелян. Гордова арестовали в 1950 году, в декабре следующего года он умер в тюрьме. Погиб и начальник штаба Приволжского военного округа генерал-майор Ф.Т. Рыбальченко, разделявший вместе с Гордовым убеждения в том, что «колхозники ненавидят Сталина», что «если сегодня снимут колхозы, завтра будет порядок, будет все», что «нам нужно иметь настоящую демократию». Репрессиям подверглись В.В. Крюков и его жена, знаменитая певица.
В конце 1947 года были преданы суду чести адмирал флота Советского Союза Н.Г. Кузнецов, возглавлявший наркомат ВМФ в 1939–1946 годах, адмиралы Л.М. Галлер, В.А. Алафузов и вице-адмирал Г.А. Степанов. Флотоводцы были обвинены в том, что они в рамках соглашений об обмене военно-технической информацией между СССР, Великобританией и США передали союзникам во время войны документацию на парашютную торпеду. Передача была объявлена незаконной. Приговором Военной коллегии Верховного Суда СССР Кузнецов был понижен в звании, остальные подсудимые приговорены к различным срокам заключения.
Маршал артиллерии Н.Д. Яковлев, бывший в течение всей войны начальником Главного артиллерийского управления, а с 1948 года заместителем Военного министра, постановлением Совмина «О недостатках 57-мм автоматических зенитных пушек С-60» (от 31 декабря 1951 года) был снят с поста, в феврале 1952 года арестован по обвинению во вредительстве. Вместе с ним были сняты с постов и арестованы начальник ГАУ генерал-полковник артиллерии И.И. Волкотрубенко и заместитель министра вооружения И.А. Мирзаханов. На протяжении 15 с лишним месяцев следствие так и не выявило материалов, которые могли бы дать основание для осуждения арестованных. Следственное дело на них было прекращено в апреле 1953 года.
Уже к концу войны становились заметными изменения в расстановке сил в самом Политбюро ЦК партии. Явно ослабевали позиции старших по политическому возрасту соратников Сталина- К.Е. Ворошилова (выведен из ГКО в 1944 г.), Л.М. Кагановича (ему поручались все менее ответственные посты в руководстве), В.М. Молотова. Главной причиной оттеснения Молотова от власти было, видимо, намерение Сталина со временем переложить на него ответственность за неудачный союз с Германией и катастрофическое начало Отечественной войны. Недовольство решениями и поступками Молотова Сталин начал демонстрировать уже с декабря 1945 года. Были осуждены его санкция на публикацию речи Черчилля в советской печати, его обещания ослабить цензуру в СССР. И даже — умаление достоинства «государственного деятеля высшего типа» согласием Молотова на то, чтобы быть избранным в почетные члены АН СССР в 1946 году. Особенное недовольство было вызвано тем, что Молотов не удержал собственную супругу «от ложных шагов и связей с антисоветскими еврейскими националистами».