Вскоре после «смуты» начинается перестройка монастырских укреплений; стены надстраиваются, а часть башен перекладывается с основания заново. Мастера XVII в. привносят в их архитектуру декоративные элементы, отчетливо выделяющиеся своим белым цветом на фоне красных стен.
В 1635-1637 гг. в монастыре строятся больничные палаты с шатровой церковью, посвященной Зосиме и Савватию. В их планировке сказался прием, распространенный в деревянной жилой архитектуре. Ведь обычно по сторонам сеней с их шатровым крыльцом располагались жилые клети. То же самое мы видим и в законченных реставрацией больничных палатах, где даже церковь восприняла форму покрытия крыльца шатром. Так светские мотивы проникли в церковные здания. Изразцы, тяги, напоминающие тяги Духовской церкви, кокошники со сложным профилем своих обрамлений-архивольтов и наличники окон образуют красивый убор этого небольшого, но нарядного храма, оттененного строгой, лаконичной архитектурой самих больничных палат.
Наряду со зданиями каменных келий (Предтеченский корпус) в конце XVII в. в монастыре строится у северной крепостной стены украшенный поливными изразцами царский дворец – чертоги. Позднейшие изменения исказили первоначальный облик этого интересного здания. В XVIII в. оно было еще относительно цело в основных своих частях. «Дворец о двух этажах… – говорится в описании монастыря, – расписанный снаружи разными красками наподобие шахмата и убранный в пристойных местах, а особливо столбы у окон, изразцовыми резными фигурами; с южной стороны оного имеются два парадные для всхода крыльца с фронтонами, на коих арматура и короны позлащенные устроены в 1775 г. и во всю линию открытая на столбах регулярных галерея…». Внутри на стенах и сводах частично сохранилась лепнина середины XVIII в. в стиле барокко.
Зданию чертогов вторит трапезная (1686-1692), расположенная у южной монастырской стены. Она имеет и галерею-гульбище, первоначально на редкость декоративную и своеобразную (восстановлена восточная сторона) и окраску «наподобие шахмата», и пышные наличники окон, торжественные порталы и декоративные кокошники, украшенные раковинами. Внутри сохранилось лепное убранство сводов, отличающееся смелостью и силой своих декоративных форм. Это здание, как и ряд других построек (надвратная церковь, «святой колодец», верх Утичьей башни, надкладезная часовня вне стен монастыря), выстроено в конце XVII столетия в типичном для того времени стиле московского или «нарышкинского» барокко. Он поражает своеобразием крупных декоративных деталей, обычно выполненных из белого камня.
Особенно интересна Утичья башня (илл. 18). Низ ее относится к началу XVII в. В конце XVII в. неизвестный нам по имени мастер надстроил ее оригинальной башенкой с аркбутанами, ажурной аркадой и небольшим шпилем, завершенным изображением утки (утицы). Красная окраска стен и белые дeкopaJ тивные детали придали башне на редкость нарядный вид. Сопоставление этого оригинального завершения с голландской архитектурой начала XVII в. говорит, что декоративные формы последней были привлечены для выполнения этой надстройки (ратуша в Маастрихте).
В начале августа 1689 г. монастырь сделался местом исторического события, знаменовавшего начало новой эпохи в жизни русского государства. Сюда в ночь на 9 августа неожиданно прибыл молодой Петр, начавший борьбу с правительницей Софьей. Монастырь на короткое время превратился в центр обостренной политической жизни страны.
Искусство новой послепетровской России также сделало свой вклад в художественную сокровищницу монастыря. В середине XVIII в. по проекту И. Мичурина, И. Шумахера и Д. Ухтомского была выстроена знаменитая монастырская колокольня (илл. 19). Хотя это здание принадлежит уже новому времени, но его архитектура не нарушила красоты и цельности древнего монастыря. Архитекторы нашли для своего произведения и место и форму в кругу древних построек, связав ее стройную и легкую, прорезанную арками башню с тем незабываемым архитектурным пейзажем, который глубоко запечатлевается в сердце каждого человека, не чуждого искусства. Недаром Троице-Сергиевский монастырь заслуженно пользуется мировой известностью.