Вице-адмирал Элтон Грэнфелл, в прошлом командующий подлодками Атлантического флота, написал о трагедии подлодки «Трэшер» в мартовском номере журнала «Расследования морского института ВМС США» 1964 года: «Трагедия произошла, по всей видимости, когда лодка приближалась или уже находилась на тестовой глубине, что стало причиной сильного затопления вследствие потока воды, хлынувшего внутрь. Вода вызвала короткое замыкание во всех основных жизненно важных электроцепях, вызвав потерю мощности, требующуюся для продолжения движения. „Трэшер“, скорее всего, попытался произвести взрыв основных балластных ёмкостей, начал подъём и сразу начал тонуть. Вскоре после этого подлодка превысила максимальную глубину погружения и пошла на дно».
«Скайларк» двигался взад-вперед над местом гибели «Трэшера», пытаясь связаться с экипажем, но ответа не было. Десятки поисковых судов и самолетов ВМС США были немедленно посланы в район катастрофы.
«Скайларк» обнаружил нефтяное пятно недалеко от того места, откуда в последний раз «Трэшер» вышел на связь. Вскоре после этого обломки были найдены другими судами, прибывшими на место. Среди обломков были найдены желтые перчатки, которые используются на атомной подлодке, а также пробковый материал, применяемый для изоляции корпусов подлодок.
В отчёте, полученном со спасательной подлодки, говорилось, что нечеткие голоса слышались через подводный телефон на «Трэшере». Впоследствии высказывались предположения, что это были голоса людей, которые находились в переднем отсеке подлодки, оторванном от остальной подлодки.
Некоторые говорили, что «Трэшер» погрузился слишком глубоко и корпус не выдержал давления и был раздавлен. Во время взрыва давление внутри сосуда выше, чем снаружи, поэтому сосуд разлетается на части. Когда происходит то, что произошло с «Трэшером», снаружи давление оказывается выше, чем внутри, поэтому происходит «взрыв наоборот».
Также существовало мнение, что за «взрывом наоборот» последовал обычный взрыв, когда давление от воздуха и воды повредило трубу для подачи топлива к дизельной установке.
Расследование, проведённое экспертами ВМФ, постановило, что когда «Трэшер» находился на тестовой глубине, открылась течь из сочленения труб системы подачи воды в машинном отделении. Вода вызвала короткое замыкание и, как следствие, остановку реактора.
Подлодка потеряла ход. Не имея возможности произвести экстренный взрыв основных балластных ёмкостей, подлодка не смогла подняться на поверхность: мощности, поставляемой аварийной силовой установкой, было недостаточно.
Колумбус Изелин из Института океанографических исследований в местечке Вудс Хол предложил свою версию событий. Он предполагал, что причиной катастрофы стал подводный водоворот. Крупный ураган пронёсся над заливом Мэйн 8 апреля, а подводный водоворот явился отголоском шторма.
Такой водоворот мог стать причиной образования стометровых подводных воли. Если только подлодка погрузилась в неудачном месте, то, как сказал Изелин, она, скорее всего, сначала попала в водоворот, а затем её накрыло волной. Эти же причины, по всей видимости, и увеличили скорость погружения судна, «заставили» его погрузиться на опасную глубину, прежде чем команда смогла что-либо предпринять… Если на подлодке в тот момент возникли неполадки в системе осушения балластных ёмкостей, то времени до того, как её сплющило давлением, оставалось очень мало.
Это было за несколько недель до того, как маленькая исследовательская подлодка была спущена к месту крушения «Трэшера».
«Трэшер» был первой из подлодок нового поколения. Потеря субмарины явилась главным ударом по имиджу программы, потому что новые подлодки могли погружаться гораздо глубже своих предшественников.
И вот одна из них погрузилась и не вернулась на поверхность. Вся программа атомных подлодок могла оказаться под угрозой, если бы не Холодная война.