Тем не менее, в период с декабря 1963 г. по декабрь 1976 г. (13 лет!) все пять кораблей пр. 659 переоборудовали по пр. 659Т. Они привлекались к несению боевой службы вплоть до июля 1985 г. Меньше всего автономных походов было у К-66 (три, общей продолжительностью 126 суток), а больше всего – у К-151 (шесть, общей продолжительностью 671 сутки). В среднем на каждую из лодок приходилось по четыре службы, то есть даже меньше чем у тихоокеанских кораблей пр. 627А (4,85 службы). Однако средняя продолжительность каждого из этих походов была почти в два раза больше – 85,8 суток (против 47 суток). Объясняется это тем, что АПЛ пр. 659Т чаще предпринимали многомесячные походы с пополнением запасов в маневренных пунктах базирования. Так, например, у К-151 таких походов было два продолжительностью 172 и 256 суток. Вообще, средняя продолжительность боевых служб у этого корабля составила 111 суток, что является довольно высоким показателем для отечественных АПЛ всех поколений.
Первой вывели из боевого состава флота К-122. На вторую половину 70-х годов пришелся пик эксплуатации этого корабля. 20 августа 1980 г. во время очередной боевой службы на нем возникла аварийная ситуация, приведшая к человеческим жертвам (о ней будет рассказано ниже). В результате возникшего пожара практически полностью выгорел седьмой отсек, а оборудование и технические средства смежных отсеков получили серьезные повреждения. АПЛ на СРЗ «Звезда» поставили в восстановительный ремонт, но в апреле 1981 г. его прекратили ввиду отсутствия военной целесообразности. Корабль поставили на прикол, а 28 октября 1985 г. исключили из списков флота и в бухте Постовая, а с сентября 1992 г. – в бухте Чажма (пос. Дунай) поставили на отстой. В 1994- 1995 гг. на СРЗ «Звезда» К-122 разобрали на металл.
Вслед за ней списали К-66. После возвращения с последней боевой службы в ноябре 1977 г. этот корабль стали преследовать фатальные неудачи. Сначала, в марте 1978 г., во время стоянки в базе, в условиях сильного шторма, у стоявшего рядом торпедолова оторвало швартовы, который затянуло в циркуляционную трассу охлаждения ГТЗА правого борта и намотало на рабочее колесо циркуляционного насоса. В марте 1979 г. из-за разрыва резинометаллического патрубка маслопровода редуктора ГТЗА левого борта около шести тонн масла вытекло в трюм шестого отсека, а сам ГТЗА пришлось остановить. В апреле 1981 г. была обнаружена течь первого контура по корпусу реактора правого борта. Его пришлось заглушить. Восстановительный ремонт на К-66 проводить не стали. Лодку вывели в резерв и в пос. Фокино поставили на прикол. 12 октября 1986 г. ее исключили из списков флота и передали ОФИ на долговременное хранение. В сентябре 1993 г. корабль отбуксировали в бухту Чажма и поставили на отстой. По некоторым данным в 2005-2007 гг. К-66 разобрали на металл.
Третьей вывели из боевого состава флота К-59. Эта лодка, после переоборудования по пр. 659Т, получила новый тактический номер – К-259. Из своей последней боевой службы (четвертой по счету) корабль возвратился в первой половине 1983 г. После этого он периодически привлекался для несения боевых дежурств в пункте постоянного базирования. В октябре 1986 г., во время одного из малочисленных выходов в море была обнаружена течь газовой смеси из компенсатора объема установки правого борта под биологической защитой. Данное обстоятельство практически исключало возможность выхода К-259 в море, и до марта 1989 г. она простояла в базе. По некоторым данным, лодка все же выходила в море, но не надолго и то лишь для обеспечения подготовки других сил флота. 14 марта 1989 г. ее исключили из списков флота, передали ОФИ на долговременное хранение и в бухте Чажма поставили на отстой. В 1997-1998 гг. на СРЗ «Звезда» К-259 разобрали на металл.
30 мая 1989 г. исключили из списков флота последние два корабля пр. 659Т- К-45 и К-151. Служба первого из них прошла сравнительно спокойно. Эту лодку своевременно ставили в средние ремонты, и за время эксплуатации она имела только две существенные аварийные ситуации. Первая случилась в декабре 1979 г., когда была обнаружена течь первого контура по крышке реактора левого борта, вызванная деформацией красномедной прокладки, уложенной во время последней перезарядки активной зоны (в марте-мае 1978 г.) между корпусом и крышкой. Вторая ситуация стала следствием навигационной ошибки. 10 сентября 1981 г. К-45, следуя в полигон боевой подготовки, в темное время суток, в надводном положении столкнулась с рыболовецким траулером Новокачалинск. В результате таранного удара у лодки были повреждены носовая оконечность легкого корпуса и обтекатель ГАС ЗПС. Таранившее ее судно затонуло.