Более того, в связи с идентификацией этих останков он идет на конфликт с Церковью. Церковная позиция в этом вопросе – это отдельная история отношений Московского Патриархата и зарубежной православной церкви. Но в результате РПЦ выразила сомнение в подлинности царских останков, а значит, и в целесообразности захоронения их в Петербурге. Ельцин никогда не позиционировал себя как верующий человек. В отличие от его жены, для него вера стала новостью последних лет, и он, несмотря на крещение в детстве, никогда не заявлял себя давно и глубоко православным. При этом с Патриархом Алексием Вторым Ельцина связывают взаимные теплые и глубоко уважительные отношения. Конфликт в связи с захоронением царских останков болезнен обеим сторонам. Ельцин до последнего не принимает решение – будет ли он сам присутствовать на церемонии в Петропавловском соборе. Одним из факторов «за» считается письмо, которое написал Ельцину глубоко верующий человек академик Д. С. Лихачев. Другим объяснением приезда Ельцина является его речь, произнесенная на церемонии. Вероятно, это вообще лучшее выступление Ельцина – и содержательно, и эмоционально.
«Сегодня для России исторический день. Восемьдесят лет минуло со дня убийства последнего российского Императора и членов Его Семьи. Долгие годы мы замалчивали это чудовищное преступление, но надо сказать правду: расправа в Екатеринбурге стала одной из самых постыдных страниц в нашей истории. Предавая земле останки невинно убиенных, мы хотим искупить грехи своих предков. Виновны те, кто совершил это злодеяние, и те, кто его десятилетиями оправдывал. Виновны все мы. Нельзя лгать себе, объясняя бессмысленную жестокость политическими целями. Расстрел Семьи Романовых – результат непримиримого раскола в российском обществе на «своих» и «чужих». Его последствия сказываются и поныне. Захоронение останков жертв екатеринбургской трагедии – прежде всего акт человеческой справедливости. В нем символ единения народа, искупления общей вины. Перед исторической памятью народа в ответе мы все, и потому сегодня я не мог сюда не приехать. Как человек и как президент я должен быть здесь. Я склоняю голову перед жертвами безжалостного смертоубийства. Строя новую Россию, мы должны опираться на ее исторический опыт… Любые попытки изменить жизнь путем насилия обречены. Мы обязаны завершить век, который стал для России веком крови и беззакония, покаянием и примирением, независимо от политических взглядов, религиозной и этнической принадлежности… Давайте помянем тех, кто стал безвинной жертвой ненависти и насилия. Пусть земля будет им пухом».