В 1861 г. «Опричник» под командованием капитан‑лейтенанта П. А. Селиванова отправился в обратный путь на Балтику. Из Шанхая он вышел 31 октября. После дозаправки в порту Батавия (Джакарта), 26 ноября 1861 г. клипер вышел в Индийский океан и пропал без вести.
В июне 1862 г. Морским министерством было сделано распоряжение о розыске клипера «Опричник», русским морским агентам в разных странах было дано указание – выяснить, не было ли в заграничных портах каких‑либо сведений о корабле. Выяснилось, что в ночь с 13 на 14 декабря в центре Индийского океана, на пути движения судов из Батавии к мысу Доброй Надежды свирепствовал жестокий ураган. По записям в вахтенном журнале голландского барка «Зван» ветер достигал 11 баллов. Этот же барк видало неизвестное судно, курс которого проходил к центру урагана. В этом районе погибли 6 разных судов, а несколько спаслись и исправлялись на мысе Доброй Надежды и на острове Маврикий.
Поиски экипажа «Опричника» не принесли результатов. По заключению Морского министерства, основанному на свидетельствах судов, находившихся в то время в Индийском океане, вероятно, клипер погиб в ночь с 13 на 14 декабря 1861 г. в точке на широте около 22° зюйд, долготы около 67 ¼° ост во время сильного урагана.
Однако позже русскими моряками был сделан вывод: гибель «Опричника» в урагане возможна и до некоторой степени вероятна, но далеко не доказана.
7 апреля 1863 г. клипер «Опричник» был исключен из списка судов флота.
Погибли: командир, 7 офицеров, 14 унтер‑офицеров и 73 нижних чинов.
В память об экипаже «Опричника» в 1873 г. в Кронштадте был открыт памятник, сооруженный на средства родственников и сослуживцев погибших моряков.
Вспомогательный крейсер (охранный крейсер) «Лейтенант Дыдымов» Сибфл (старший лейтенант Б. И. Семенец) в составе белой Сибирской флотилии контр‑адмирала Г. К. Старка 24 октября 1922 г. покинул Владивосток. «Лейтенант Дыдымов» – флагманский корабль 3‑го дивизиона шел под флагом капитана 1‑го ранга А. В. Соловьева. Флотилия 23 ноября 1922 г. прибыла в порт Фузан, а затем направилась в Шанхай. Утром 4 декабря, когда корабли находились в 150–180 милях от Шанхая, внезапно налетел шквал от норд‑оста, превратившийся в шторм силой 8–9 баллов. В Шанхай «Лейтенант Дыдымов» не прибыл. Последний раз его видели вечером 4 декабря с тральщика «Парис». Крейсер почти не имел хода, его поворачивало то по волне, то против. Тральщик сам имел повреждения, поэтому не мог оказать помощь. Обстоятельства гибели «Лейтенанта Дыдымова» так и остались невыясненными. На корабле погибли 11 офицеров, 3 гардемарина, 34 человека команды и 29 пассажиров.
Подводная лодка «С‑2» КБФ (капитан‑лейтенант И. А. Соколов) участвовала в советско‑финской войне 1939–1940 гг. 1 января 1940 г. лодка отправилась на позицию в Ботническом заливе. Вечером следующего дня она достигла Аландских островов и получила разрешение на форсирование Южного Кваркена. Больше связи с лодкой не было. 18 января на «С‑2» был передан приказ оставить позицию и возвращаться в базу. Ответа не последовало, лодка пропала без вести. Отправленный на поиск «С‑2» лидер «Минск» лодку не обнаружил. Финны также не обнаруживали лодку. Либо она подорвалась на мине, либо стала жертвой льда. Тана гибели «С‑2» не раскрыта до настоящего времени.
Советская военно‑морская база, находившаяся на полуострове Ханко (Гангут) в конце августа 1941 г. оказалась в глубоком тылу противника. Защитники ее испытывали недостаток в боеприпасах, бензине, медикаментов, продовольствия. Командованием БФ была предпринята попытка доставить на Ханко грузы на подводной лодке.
Подводная лодка «П‑1» БФ (капитан‑лейтенант И. И. Логинов) 9 сентября 1941 г. в 8.00 вышла из Кронштадта на Ханко, имея на борту 19,6 тонн груза (154 ящика консервов; 200 100‑мм, 100 76‑мм и 100 45‑мм снарядов; до 2 тонн медикаментов и другие грузы). Лодку сопровождали базовый тральщик «БТЩ‑211» и сторожевой катер. Вечером в районе острова Гогланд эскорт расстался с «П‑1». Планировалось, что лодка совершит дальнейший переход в надводном положении со скоростью 18 узлов.
В течение похода лодка на связь не выходила и в точку рандеву с катерами и тральщиками ВМБ Ханко ни в основное время (6 часов 11 сентября 1941 г.) ни в резервное (2 часа ночи следующего дня не прибыла. Уже 17 сентября она была официально объявлена «пропавшей без вести при выполнении боевого задания». 54 члена экипажа погибло.
Возможные причины гибели лодки: подрыв на мине заграждений «Юминда» или «Корбетта», ошибка личного состава или отказ техники.
Подводная лодка «Щ‑211» ЧФ (капитан‑лейтенант А. Д. Девятко) 16 ноября 1941 г. вышла в очередной боевой поход в район Варны. На связь она не выходила и в назначенный срок в базу не вернулась.