Во всех частях границы постоянно отмечалось высокое политико-моральное состояние. Бойцы, командиры демонстрировали свою преданность Родине, готовность в любой момент встать на ее защиту, не щадя жизни, до полного уничтожения врага. Вопросы воинской дисциплины и политико-морального состояния войск были в центре постоянного внимания командиров и политорганов. Это давало свои результаты, но были и нерешенные задачи в вопросах дисциплины и порядка. В числе негативных явлений отмечалось в 1942 году осуждение судами военного трибунала 1431 военнослужащего, это 1,8 % ко всему личному составу. Кроме этого, имело место 570 хищений социалистической собственности, 1697 снов на посту и 812 самовольных отлучек. Основные недостатки в работе по укреплению дисциплины и порядка были связаны с недоработками командиров и политработников подразделений, что проявлялось в неумении их должным образом оценить осложнившуюся обстановку, предвидеть ее изменения и влиять на происходящие процессы в политико-моральном состоянии личного состава. В вину офицерам управленческих аппаратов надо поставить то, что изучение пополнения, прибывавшего на укомплектование войск, как следует организовано не было. Не было в должной мере учтено, что средний командно-начальствующий состав в ряде случаев и сам не отличался высокой дисциплинированностью. Слабым был повседневный контроль за поведением и работой личного состава. В целях устранения всех этих недостатков в 1942 году ГУПВ и ПУ погранвойск проверили в пограничных округах состояние воспитательной работы. Итоги были рассмотрены на специальном совещании. По всем слабым вопросам были намечены конкретные меры.
Военная обстановка, а также необходимость улучшения всей служебно-боевой деятельности войск потребовали от командиров и политработников особого внимания вопросам боевой подготовки. Основной задачей боевой подготовки в погранвойсках в это время было определено подготовить отличного специалиста-пограничника, способного образцово охранять государственную границу и успешно действовать в общевойсковом бою. От каждого воина требовалось умение вести разведку в сложных условиях, стойко и упорно оборонять порученный рубеж при любой численности противника, вести бои по уничтожению воздушных десантов и парашютистов противника, организованно вести самостоятельные боевые действия и совместно с частями Красной Армии. Стояла задача в каждом подразделении иметь группу истребителей танков, автоматчиков, минометные расчеты, снайперов. Из разделов строевой и физической подготовки особо выделялись рукопашный бой и лыжная подготовка. По химической подготовке требовалось довести натренированность пребывания в противогазе до шести часов и воспитать у личного состава постоянную готовность к противохимической защите и умелому использованию средств ПХЗ и подручных средств при организации противохимической обороны. Основной задачей подготовки командно-начальствующего состава ставилось совершенствование его по занимаемым должностям, имея целью расширение и углубление знаний и навыков по умелой организации служебно-боевой деятельности, успешному обучению и воспитанию подчиненных и управлению своими подразделениями (частями) в бою.
За основу в организации боевой подготовки в пограничных войсках брались общеармейские требования, а также приказы Верховного Главнокомандующего. С выходом приказа № 130 от 1 мая 1942 года в пограничных войсках, как и в целом в Красной Армии, особое внимание было уделено подготовке командно-начальствующего состава, изучению им вопросов взаимодействия родов войск, вождению войск и умелому использованию в бою имеющейся военной техники.
Командование округов и частей внимательно следило за полным выполнением учебных программ и планов. Войска подвергались систематическим проверкам и инспектированиям. Только в 1942 году всестороннему обследованию были подвергнуты войска Грузинского, Армянского, Азербайджанского, Приморского, Туркменского, Забайкальского округов, окружные школы сержантского состава и резервные полки Среднеазиатского и Туркменского округов. Основное внимание при проверках уделялось устранению выявленных недостатков на месте с дачей конкретных указаний по совершенствованию боевой подготовки на предстоящий период. Активно внедрялся фронтовой опыт.
Общими усилиями командировки штабов и политорганов удалось добиться регулярного направления в войска учебной и методической литературы. Так, в 1942 году части получили материалы по методике огневой подготовки по всем видам штатного оружия, в войска направлена Инструкция по боевому использованию и применению в различных видах боя автоматчиков и расчетов ПТР, была разработана методика по рукопашному бою и примерные уроки по новому Наставлению по физподготовке. ГУПВ дало организационно-методические указания по личной подготовке офицеров, а также описания и правила стрельбы из противотанкового оружия, применению ручной противотанковой гранаты, устройству и применению миномета.