Во второй и третий периоды Великой Отечественной войны основной целью оперативной, служебной и боевой деятельности войск по охране тыла было обеспечение скрытности подготовки и внезапности начала наступательных операций, проведение режимных мероприятий на освобожденной территории, на фронтовых и армейских коммуникациях для обеспечения передвижения войск и материальных средств. Служба по охране тыла заключалась в высылке на определенные направления сводных групп пограничных застав, проведении специальных операций по очистке тыла, в борьбе с диверсионно-разведывательными группами и отрядами противника, боевых действиях по ликвидации остатков разгромленных подразделений и частей немецко-фашистской армии.
Показательна операция по очистке тыла 1-го Белорусского фронта, проведенная в мае 1944 г. Глубина ее составляла 300 км, общая площадь — 30 тыс. км^2, продолжительность — 17 суток. К участию в ней было привлечено 26 полков войск НКВД и фронта, в том числе 5 пограничных. В результате операции выявлены 41 агент противника, 255 изменников, 102 дезертира, уничтожено 536 и захвачено 258 бандитов, изъято большое количество оружия и военного имущества.
Всего в период наступления Красной Армии пограничные полки в тылу фронтов провели 648 боев с остатками разгромленных войск противника, в ходе которых пленено и задержано 469 342 солдата и офицера. Одновременно с этим проведен 151 бой непосредственно на фронте, захвачено в плен 7443 гитлеровца[434]
.Служебная и боевая деятельность войск охраны тыла получила высокую оценку Родины. 36 пограничных полков награждены орденами, в том числе: орденом Ленина — 1; орденом Красного Знамени — 12 полков и 112-я отдельная Карпатская маневренная группа; орденом Суворова — 2; орденом Кутузова — 4; орденом Александра Невского — 5; орденом Богдана Хмельницкого — 5; орденом Красной Звезды — 7. За отличие в боях с немецко-фашистскими захватчиками по прорыву обороны немцев, овладению городами, за форсирование рек 25 пограничным полкам присвоены почетные наименования, 20 пограничных полков получили благодарность Верховного Главнокомандующего (7 из них — дважды): 17 350 военнослужащих-пограничников войск по охране тыла действующей армии награждены орденами и медалями, в том числе 4776 офицеров. 18 пограничникам этих войск присвоено звание Героя Советского Союза.
В наиболее критической для советских войск обстановке по решению военных советов фронтов и армий во фронтовой полосе из состава пограничных войск проводилось формирование частей и соединений для действующей армии. Так, в дни ожесточенных боев под Ленинградом в августе-сентябре 1941 г. из пограничных и внутренних войск, входивших в состав войск по охране тыла Ленинградского фронта, были сформированы три стрелковые дивизии (1, 20, 21-я), отдельная пограничная бригада и несколько отдельных частей. Эти соединения и части внесли свой вклад в оборону города.
В первых числах декабря 1941 г. по решению Военного совета Юго-Западного фронта в Воронеже из личного состава выходивших из-под Киева подразделений 6, 16 и 28-го мотострелковых полков оперативных войск НКВД по охране тыла фронта (91, 92, 94, 98-го пограничных отрядов) была сформирована 8-я мотострелковая дивизия (командир дивизии полковник В.Ф. Крылов). В дивизию попало много офицеров, проходивших в прошлом службу в погранвойсках.
17 августа 1941 г. Военный совет 51-й отдельной армии, на которую советское командование возложило оборону Крымского п-ова, принял решение создать на базе погранвойск Крыма 4-ю стрелковую дивизию, поставив перед ней задачу: не допустить высадки морского десанта противника на южном берегу полуострова от мыса Айя до Судака включительно. Командиром дивизии назначен начальник войск Черноморского пограничного округа комбриг Н.С. Киселев.
На базе 23, 24 и 25-й отдельных погранкомендатур формировались полки. Командирами полков, рот и батальонов назначались офицеры-пограничники, пополнение личным составом дивизия получала из военкоматов.
Летом 1942 г. немецкие войска, прорвав оборону Юго-Западного фронта, захватили г. Ростов-на-Дону, вышли в предгорья Кавказа, в район Новороссийска, Пятигорска, Моздока. В этой обстановке в августе 1942 г. для обороны г. Орджоникидзе (Владикавказ) и Военно-Грузинской дороги была сформирована Орджоникидзевская стрелковая дивизия войск НКВД в составе 34,169, 273-го стрелковых полков, 26-го Краснознаменного пограничного полка и особого полка. В состав последнего вошли 993 выпускника Орджоникидзевского военного училища пограничных и внутренних войск имени С.М. Кирова.
Многие части и подразделения пограничных войск вливались в состав армейских соединений, понесших в ходе оборонительных боев в 1941 г. тяжелые потери. Так, по решению Военного совета 12-й армии Юго-Западного фронта 22-й и 97-й пограничные полки, охранявшие тыл армии, организационно вошли в состав 99-й Краснознаменной стрелковой дивизии. Начальник штаба 97-го пограничного отряда майор С.Л. Краснощек стал заместителем командира дивизии.