Казаки остановились во встретившемся по пути тунгусском селении, куда они шли с устья Амура восемь недель, и дождались там зимы. А затем, сделав нарты, перевалили прибрежные хребты и вышли в бассейн Лены. Они шли тайгой четыре недели и случайно наткнулись на тунгусскую дорогу, по которой следовали караваны запряженных в нарты оленей, добрались до тунгусского селения, где и зазимовали.
Летом Иван Нагиба с пятью казаками сумели дойти до Якутска и вручить там якутским властям отписку Ивана Уварова, который, оставшись старшим в отряде, в ней поведал об этой удивительной казацкой одиссее.
Для закрепления власти московского царя в Забайкалье и постройки острога на Шилке енисейский воевода в июне 1652 г. направил туда 100 казаков во главе с сотником Петром Ивановичем Бекетовым. Отряд поднялся вверх по Енисею и Ангаре до Братского острога. Оттуда Бекетов отправил к истокам р. Хилок, притока Селенги, разведывательную группу пятидесятника Ивана Максимова с проводником-казаком Яковом Софоновым, уже побывавшим в Забайкалье в предыдущем году. Из Баргузинского острога за шесть дней Софонов с пятью спутниками на лошадях добрались до истоков р. Хилок. От эвенков он первым услышал о «захребетной» р. Ингоде и о четырехдневном пути по ней к «великой Шилке». Он выяснил также, что по р. Хилок можно проплыть до Селенги и, следовательно, на Шилку можно выплыть, минуя Баргузинский острог.
Бекетов поставил на Селенге Усть-Прорвинский острожек и зазимовал южнее ее устья, где казаки заготовили огромное количество рыбы. В начале июля 1653 г. Бекетов стал подниматься по Хилку и вместе с отрядом И. Максимова, встреченным по пути, в начале октября прибыл к истокам реки. Здесь был срублен на озере Ирген Иргенский острог. Максимов передал Бекетову собранный ясак и чертеж рек Хилок, Селенги, Ингоды и Шилки, составленный им во время зимовки — первую схему гидрографической сети Забайкалья. Таким образом Бекетов смог укрепиться на новом пути с Байкала на Шилку.
Бекетов спешил продвинуться на восток, он перевалил Яблоновый хребет и на Ингоде построил плоты, но ранняя зима перечеркнула его планы, и он возвратился на р. Хилок. В мае 1654 г., когда Ингода освободилась ото льда, он спустился по ней, вышел на Шилку и против устья р. Нерчи поставил острог. Но эвенки сожгли засеянные хлеба и из-за нехватки продовольствия отряду пришлось уйти. Бекетов спустился по Шилке до слияния ее с Аргунью и первым из русских вышел из Забайкалья на Амур.
Проследив верхнее течение реки до впадения Зеи (900 км), он соединился с казаками Онуфрия Степанова, назначенного вместо Хабарова «приказным человеком… новой Даурской земли» (18, с.304). Степанов провел на Среднем Амуре полтора года, «не доплыв Гиляцкие земли». За это время казаки на стругах четыре раза ходили за хлебом на р. Сунгари. Весной 1654 г. Степанов на Сунгари встретился с маньчжурским отрядом. Последний не пропускал казаков вверх по реке, но после краткого боя русские обратили отряд в бегство. Степанов собрал ясак с дауров, дючеров и гиляков и зазимовал в Зейском остроге.
Объединенный отряд Бекетова и Степанова (до 500 казаков) зимовал в Кумарском остроге, поставленном Хабаровым примерно в 250 км выше устья Зеи. В конце марта 1655 г. десятитысячное войско маньчжуров с 15 орудиями окружило острог. В ночь с 24 на 25 марта маньчжуры пошли на приступ, но были отбиты. Осада длилась до 15 апреля. После решительной вылазки казаков маньчжуры ушли, потерпев большой урон в людях. Казаки захватили 2 пушки, до 800 ядер и более 30 пудов пороха. С группой казаков Степанов отправил собранный ясак и отбитые у маньчжуров трофеи вверх по Амуру через Забайкалье.
С этой группой пошел отряд Федора Пущина с переводчиком С. Петровым Чистым. В мае казаки впервые обследовали р. Аргунь, правую составляющую Амура. Не встретив по Аргуни населения, Пущин возвратился к основному отряду Степанова и Бекетова. Только несколько лет спустя Аргунь стала торговым путем из Забакалья в города Восточного Китая.
На следующиий год Степанов из Кумарского острога вновь поплыл вниз по Амуру и на Сунгари взял большое количество продовольственных запасов, а затем отправил все это по основанным на Амуре русским острогам.
Объединенный отряд казаков спустился в июне к устью Амура, в Гиляцкую землю, где был срублен еще один острог, в котором отряд и перезимовал. В конце весны 1656 г. Степанов с основной частью казаков добрался по Амуру к устью Уссури, а по ней поднялся более чем на 300 км и летом обследовал ее крупнейшие правые притоки: Хор, Бикин и Иман.