Маньчжуры огородили лагерь деревянной стеной, но казаки уничтожили ее. Тогда неприятели возвели вокруг своего лагеря земляной вал и поставили на нем пушки. 1 сентября маньчжуры попытались штурмовать крепость, но были отбиты с большими потерями. В сентябре от вражеского ядра погиб воевода Толбузин. Оборону возглавил полковник Бейтон. Так как обстрел крепости маньчжурами не дал результатов, то они блокировали ее, а в мае 1688 г. даже отступили на 4 версты от крепости.
К тому времени в крепости осталось в живых всего 66 бойцов, остальные пали в боях и умерли от цинги. Но и неприятель потерял более половины своих солдат. В это время в стан маньчжуров прибыл из Пекина гонец с повелением богдыхана прекратить осаду под тем предлогом, что о разграничении земель начались переговоры с царским представителем. Маньчжуры сняли осаду и 30 августа 1688 г. возвратились в Айгунь (53, с.33).
Москва прислала в Нерчинск своим уполномоченным по заключению договора с Китаем окольничего Федора Алексеевича Головина. Вторым лицом на переговорах был нерчинский воевода Иван Астафьевич Власов. В январе 1689 г. Ф. А. Головину удалось заключить договор с монгольскими ханами о нейтралитете, то есть они обязались не помогать китайцам и не произодить нападения на русские «окраинные города» в Забайкалье.
Теперь у Головина появилась возможность более уверенно вести себя на переговорах с китайцами. Ведь в то время во всем Нерчинском крае у Головина было менее 500 человек войска. А китайцы привели в окрестности Нерчинска в виде свиты присланных для переговоров китайских послов множество пеших и конных воинов (чуть ли не 10000 человек) (53, с.34).
В таких условиях московские представители вынуждены были заключить с Китаем 27 августа 1689 г. Нерчинский мирный договор, согласно которому Забайкалье полностью закреплялось за Московским государством, но в Приамурье в тот раз русские вынуждены были покинуть часть уже освоенной территории. Албазин — казацкая крепость на Амуре — был срыт.
Владения московского царя по Амуру согласно договору ограничивались территорией верхних притоков реки, которая вошла в состав вновь образованного Нерчинского уезда. Граница была определена от истоков Аргуни до устья, затем по левому притоку Амура р. Горбице, далее от ее верховья по хребтам, «близ Амура» до верховьев бассейна р. Уды, впадающей в Охотское море. Территория к югу от р. Уды, между ней и средним течением Амура, а также океаном, была оставлена по Нерчинскому договору неразграниченной (2, с. 39; 5, с.282).
Правда, Ф. А. Головин твердо отстаивал торговые интересы Руси. После подписания договора он, не связываясь с Москвой, прямо «из разрядного шатра»— своей резидении — поспешил отпустить в Китай торговый караван из служилых и торговых людей. И с этого момента объем русско-китайской торговли, исключительно выгодной для Руси, в первые же три года после заключения Нерчинского договора возрос более чем в три раза (6, с.156).
Таким образом, Нерчинский договор разрушил монополию среднеазиатских купцов, которые до его заключения были фактически единственными посредниками между Сибирью и Китаем. Теперь русское купечество смогло установить прочные непосредственные сношения с китайскими партнерами. Русские купцы в обмен на пушнину и другие традиционные сибирские товары вывозили из Китая чай, шелковые и хлопчатобумажные ткани и одежду из них, фарфоровую посуду, ревень и др.
Историческая справедливость в части принадлежности приамурских земель была восстановлена лишь через 170 лет, когда генерал-губернатор Восточной Сибири Н. Н. Муравьев заключил с Китаем в 1858 г. Айгунский договор, по которому все левобережье Амура навсегда стало частью русского государства.
А 14 ноября 1860 г. в Пекине русским посланником в Китае Н. П. Игнатьевым и китайскими представителями был подписан русско-китайский договор, подтверждавший условия Айгунского трактата и определяющий границы между обоими государствами по рекам Амуру и Уссури, далее по северной части озера Ханка и затем на юг до побережья Японского моря, то есть помимо Приамурского края в состав Российского государства навечно вошел весь Приморский край (левобережье Амура от устья Уссури до впадения Амура в лиман, а также правобережье Уссури и земли по побережью залива Петра Великого, где в том же году на берегу бухты Золотой Рог был основан военный пост Владивосток).
Таким образом, примерно за 70 лет (от 80-х гг. ХVІ до середины ХVІІ в.) громадная Сибирь была пройдена русскими землепроходцами, которые собрали вполне достоверные сведения практически обо всех районах этой колоссальной страны, до ХVІІ в. фактически не известной европейцам. И вся эта грандиозная работа была проведена в крайне малые по историческим меркам сроки. «Такого огромного масштаба, такой быстроты и энергии в исследованиях новых стран, — отметил член-корреспондент АН СССР С. В. Бахрушин, — не знала история мировых географических открытий» (2, с.40).
Через Сибирь в далекое государство богдыханов