Защитник, назначенный итальянским судом, пытался высокопарными словами изложить малоубедительные мотивы преступления: «Агджа действовал один, как человек унаследовавший в полной мере неосуществленную месть предыдущих поколений. Он принадлежит к племени тех фанатиков-террористов, которые убили Линкольна, Ганди, Кеннеди, Лютера-Кинга. Убийца-одиночка Агджа возжелал своим преступным актом возвыситься до уровня тех, кто составляют величие нашего общества и олицетворяют собой надежду мира». Послушать адвоката, так Агджа стрелял в папу исключительно ради того, чтобы заставить заговорить о себе. Суд с этой версией согласился, закрыв глаза на те показания Агджи, которые он дал в ходе расследования: сразу после покушения турецкий неофашист признал, что за его спиной стоит преступная организация, действующая в международных масштабах. «Они хотят убить и других людей», — сказал он в ходе допросов, категорически отказавшись, однако, уточнить, о ком именно идет речь.
Не пожелал суд заметить и знаменательный момент в поведении преступника. В первый же час судебного разбирательства Агджа произнес фразу, смысл которой лишь много позже расшифровали специалисты. Безо всякой связи с вопросами судьи Агджа вдруг заявил: «Если итальянское правительство будет хранить молчание, через пять месяцев я начну голодовку». Фактически эти слова, содержащие в себе закодированное сообщение, были единственной, ценной информацией Агджи в ходе процесса. Своим хозяевам на воле турок адресовал послание, которое в действительности означало следующее: «Потрудитесь вытащить меня на свободу не позже пяти месяцев, в противном случае я нарушу молчание и заговорю.» Прокурор произнес в суде пустую, помпезную речь, служебный адвокат не сказал почти ничего, а обвиняемый практически вообще отказался говорить. Через три дня зачитали приговор. Он не был обжалован и вступил в законную силу. Наказание — пожизненное заключение — самое тяжелое по итальянским законам. Но строгость приговора не принесла успокоения, потому что причины покушения остались скрытыми.
Перед судом стояли два вопроса: каковы были побуждения Мехмеда Али Агджи и действовал ли он сам или существовал против папы заговор. Эти вопросы рассматривались поверхностно. Вину за это несет главным образом прокурор Николо Амато, от которого ждали, что он прольет свет на это преступление. Но вместо этого он окутал его густым риторическим туманом.
По первому пункту — побуждения — была отвергнута гипотеза о преступлении с корыстной целью. Идейные побуждения террориста также не были выяснены сколько-нибудь серьезно. Его взгляды в том свете, в каком они были представлены, граничили с патологией. Амато назвал обвиняемого параноиком. Суд с этим согласился. Не подвергая критике умышленно бессвязные заявления Агджи до процесса, судьи квалифицировали его как религиозного фанатика с непостоянными представлениями. Это — непростительное заблуждение, ибо оно противоречит важному следственному документу — заключению экспертизы, проведенной присутствовавшим на допросах Агджи д-р Джанкарло Купери. Он отметил, что турок «прозорлив и осторожен, внимательно формулирует ответы и умно реагирует всякий раз, когда вопросы > касаются деликатных вещей». Медицинский эксперт римской полиции пришел к заключению, что террорист обладает «живым умом, большим самообладанием и психической зрелостью».
В противоречии с материалами следствия прошло и судебное расследование по второму вопросу — о возможных соучастниках. Прокурор Амато заявил, что дело касается «изолированного нападения. террориста, пришедшего ниоткуда», который «сам задумал и исполнил этот постыдный акт». Служебному адвокату было нечего к этому добавить. Суд согласился с тем, что Агджа — «убийца-одиночка» и что «доказательства о существовании заговора отсутствуют».
Между тем произошли некоторые, вызывающие подозрение события. Был, например, переделан приказ об аресте Агджи, в первоначальном тексте которого говорилось о преступлении, совершенном «в соучастии с другими, пока неизвестными лицами». Был бесцеремонно отстранен от следствия судья-следователь Лучано Инфелизи, говоривший о неудобных вещах. После первых допросов и проверок он заявил: «Мы располагаем документами, показывающими, что Мехмед Али Агджа был не один» (газета «Стампа», 15.5.1981). На самом судебном процессе даже не постарались узнать происхождение фальшивого паспорта, оружия, денег, которыми располагал Агджа. Не зашла на нем речь ни о записках, найденных в пансионе «Иса», ни о долгом телефонном разговоре Агджи с Ганновером накануне покушения, ни о сообщениях очевидцев о том, что на площади было замечено несколько подозрительных лиц. Были оставлены без внимания и преступные связи турка с «серыми волками» в его собственной стране.