Активная фаза операции «Цеппелин» началась 25 июня 1942 года с высадки, преимущественно на Кавказе, 126 «активистов» в составе 44 групп[119]
. На начальном этапе практическая деятельность «Цеппелина» осуществлялась через подчиненные Берлину зондеркоманды численностью вместе с агентами по 10–15 человек, которые не следует смешивать с общими зондеркомандами СД. Весной 1943 года, опять-таки по указанию Грэфе, работа «Цеппелина» была децентрализована. Вместо зондеркоманд появились два крупных подразделения — главные команды «Руссланд Митте» (впоследствии «Норд»), полевая почта № 28344, и «Руссланд Зюд»[120] при айнзатцгруппах СС В (смоленское направление) и D (киевское направление). Главные команды насчитывали сотни штатных сотрудников и агентов, обладали оперативной самостоятельностью и согласовывали с вышестоящим руководством только наиболее важные операции и вербовку агентуры. Тем не менее на каждую из проводимых главными командами операций в Берлине заводилось наблюдательное дело, и руководство «Цеппелина» в любой момент могло вмешаться в них с целью внесения соответствующих коррективов. Непосредственная же оперативная работа являлась сферой деятельности ауссенкоманд, подчиненных главным командам. Таковых было восемь, по четыре у каждой из главных команд. Задачи центрального аппарата «Цеппелина» свелись к общему руководству, надзору, информационно-аналитическим функциям, техническим задачам, таким как разработка новых средств связи и осуществления диверсий. После создания институтом Гавеля (Хафель) в Ванзее радиосредств нового поколения на территории рейха были созданы четыре мощных радиоузла «Цеппелина» с 18 передатчиками каждый, способными поддерживать связь по 50 линиям. Берлин руководил также и контрразведывательным обслуживанием всех линейных органов операции, причем оно осуществлялось очень жестко. Любые, даже самые отдаленные сомнения в лояльности «активиста», вне зависимости от его заслуг, приводили к его немедленному устранению. Никакой отправки в лагеря не практиковалось во избежание опасности утечки информации, все подозрительные, а также излишне общавшиеся с местным населением, уничтожались быстро и беспощадно. Почти такая же участь ожидала тяжело заболевших или получивших серьезные ранения, однако они уничтожались иначе. Для этого намеченные к устранению отправлялись якобы на излечение в 11-й блок концентрационного лагеря Освенцим (Аушвиц). Например, имеются данные об умерщвлении там около 200 больных русских агентов в 1945 году[121]. Плачевная участь ожидала также и «активистов», в родословной которых выявлялись еврейские корни. Они также отправлялись в 11-й блок Освенцима, где уничтожались. Причем это делалось абсолютно не из расовых соображений, просто руководство полагало, что еврей по крови, узнавший о практике Третьего рейха в отношении евреев, не сможет остаться лояльным к своему разведоргану и обязательно предаст.Первоначальный энтузиазм СД-аусланд относительно широкого использования «активистов» вскоре был грубо оборван руководством СС. После сформирования в составе «ваффен-СС» батальона особого назначения «Фриденталь» под командованием гауптштурмфюрера СС Отто Скорцени и его заместителя оберштурмфюрера СС Карла Радля диверсионные задачи постепенно изымались из сферы деятельности главных команд «Руссланд Митте» и «Руссланд Зюд», которые все более сосредоточивались на агентурных и пропагандистских операциях. Впрочем, именно это и являлось их уставной задачей. Позднее несколько изменилась и сфера охвата советского тыла агентурой «Цеппелина». Нехватка транспортных самолетов вынудила его перестроить заброску групп «активистов» с целью минимизации использования воздушного пути. Теперь основным путем заброски стал наземный. Ввиду этого главные команды попали в намного большую зависимость от фронтовых разведорганов вермахта, поскольку только они были в состоянии обеспечить «Цеппелин» информацией о разрывах в сплошной линии фронта, о расположении боевого охранения и секретов Красной Армии.