Онтогенетическое развитие из оплодотворенной зародышевой клетки Вейсман представляет себе следующим образом: «что каждый детерминант достигает определенного места в теле, это указывается тем, что каждый из них принимает уже в иде зародышевой плазмы определенное ему место, что он обладает, следовательно, наследственной и прочно определенной архитектурой. Онтогенезис основывается на постепенном процессе размножения идов зародышевой плазмы, которые при каждом или, по крайней мере, очень многих делениях клеток и зародышевой ткани развития раскалываются на все меньшие группы детерминантов, так что на место, быть может, миллиона различных детерминантов, которые составляют вместе ид зародышевой плазмы, на следующей онтогенетической ступени дочерняя клетка содержит их только полмиллиона, каждая следующая за нею ступень — только четверть миллиона и т. д. Наконец остается в каждой клетке только один вид детерминантов, тот именно, который должен определить данную клетку или группу клеток. Это постепенное разложение идов зародышевой плазмы на позднейшие ступени со все меньшими группами детерминантов происходит не как простое разрезывание пополам последних на куски, но, как все разложения жизненных единиц, оно связано с перемещениями групп детерминантов, которые вызываются неравномерно быстрым размножением различных детерминантов, и определяется господствующими в них силами притяжения. Первоначальное положение каждого детерминанта в бесконечно сложном строении идов зародышевой плазмы обусловливает то обстоятельство, что — вопреки всем смещениям детерминантных фигур, которые (т. е. смещения) должны возникнуть вследствие наследственно-неравномерного деления зародышевой ткани, совокупно с неравным ростом различных видов детерминантов, — каждый детерминант на каждой ступени вида вновь занимает свое постоянное место и придерживается регулярного пути от вида зародышевой плазмы через вполне определенные ряды клеток вплоть до клетки в конце развития, в которой он выделяет свои биофоры и переносит на клетку свой наследственный специфический характер. Каждый вид каждой ступени имеет свою прочно унаследованную архитектуру, сложное, но вполне твердо определенное и закономерное строение, которое, исходя от ида зародышевой плазмы, в закономерном изменении, переносится на следующие ступени видов. В архитектуре видов зародышевой плазмы потенциально заключены все структуры следующих ступеней видов; в ней лежит основание для совокупного построения тела от его основных форм до предрасположений и отношений частей: в ней лежит основание, почему, например, детерминант для каждого маленького пятнышка на крыле бабочки достигает точно надлежащего места, а никакого другого, и почему детерминант для пятого пальцевого членика рачка попадает точно на этот, а не на второй членик».
В виде весь организм превращен в соответствующую, но все-таки другого вида, систему элементов и сил. В нем «дремлет начинающийся прообраз, полусформированный и бесцветный». На деле путем подобной структуры зародышевой плазмы факты и законы унаследования могут быть объяснены физиологически. Возвратный шаг (Ruckschlag), например, можно объяснить тем, что определенные биофоры, детерминанты и иды при смешениях или превращениях видов удержали свое первоначальное свойство и только при определенном раздражении снова выступают в действие.
Обратное образование (регрессивное) какого-нибудь органа Вейсман объясняет тем, что группа детерминантов, обусловливающая данную часть, совсем устраняется из зародышевой плазмы, когда часть эта должна совсем исчезнуть. Детерминанты суть самостоятельные жизненные образования, которые питаются и растут, и делятся, и которые поэтому могут точно также подвергаться регрессивным процессам. Путем постепенного истощения силы размножения, которое ведет к потере в биофорах и детерминантах, орган может постепенно совершенно дегенерироваться, «так что их группы все менее вступают в онтогенез, пока наконец они все совершенно не исчезнут».
Регенерация производится тем, что известные клетки, рядом со своими специфическими детерминантами, заключают еще заместительные и параллельные детерминанты, которые удержали при себе первоначальную силу размножения и образования. Способность регенерации приобретена путем отбора, посредством специального приспособления соответственных телесных частей «к часто наступающим и известным образом предусмотренным потерям частей».
Гетерогенезис — Generation-Wechsel — основывается на том, что в зародышевой плазме находятся по крайней мере два различно-построенные вида идов, причем попеременно то один вид, то другой принимает господство над развивающимся существом.