В бесценных воспоминаниях Павла Судоплатова, а также многих академиков, включая Курчатова и других крупных специалистов, занятых в атомном проекте, Берия предстаёт талантливым и вполне человечным организатором грандиозного дела. На горе Хрущёву, учёный воссоздал правдивую картину эффективнейшей работы руководимых Берией спецслужб. А их интересы простирались от Европы до Америки, от иранских курдов до Западной Украины, от спецопераций по уничтожению противников до разветвлённой сети интеллектуальной разведки ядерных секретов.
Руководя сложнейшим коллективом светочей современной науки, Берия решил сделать упор на более тесное сотрудничество, улучшив с ними отношения и избавившись от критического настроя физиков к органам НКВД. В частности, по его заданию, Судоплатов приглашал Курчатова, Кикоина и Алиханова к себе обедать, дабы наладить с учёными доверительные отношения с органами безопасности:
Благодаря успешным мероприятиям по обороне Кавказа, слаженной работе разведки на ниве «ядерных секретов» и огромной инициативе на посту заместителя формального куратора атомного проекта Молотова политический авторитет Берии неуклонно рос. Поэтому 10 июля 1944 г. Первухин и Курчатов направили в ГКО на имя Л.П. Берии записку с проектом Постановления ГКО, в которой были предложены необходимые мероприятия по расширению работ и созданию в ГКО Совета по урану в составе: Берия Л.П. (председатель), Первухин М.Г. (зам. председателя) и Курчатов И.В.[166]
Но официально куратором атомного проекта Берия был назначен лишь 3 декабря 1944 г., Постановлением ГКО № 7069сс20 августа 1945 г., спустя 14 дней после атомной бомбардировки Хиросимы, Берия стал председателем Специального комитета при Совете Министров СССР, а к декабрю того же года он уже окончательно сложил с себя обязанности наркома внутренних дел.
По указанию Берии все учёные, задействованные в атомном проекте, были обеспечены хорошим жильём, дачами, специальным питанием и медицинской помощью, пользовались спецмагазинами. Отныне их личные дела хранились в секретариате Берии под его строгим контролем, будучи, наряду с атомными секретами, недоступными для спецслужб.
Доказательством того, что Лаврентий Берия не на словах, а на деле оградил учёных от НКВД, служит следующий случай. В начале 1944 г. поступил донос на младшего брата учёного-физика И.К. Кикоина – А.К. Кикоина, тоже видного физика. Тот якобы «засомневался в мудрости» политического руководства страны в разговоре со своим коллегой. После того, как информация об этом дошла до Берии, вместо наказания старшему брату было рекомендовано воздействовать на младшего, чтобы впредь избежать таких прецедентов.