Если татарской коннице все же удавалось приблизиться к казацкому строю, то русские ратники встречали врага копьями и саблями. Татары понесли огромные потери, но прорвать казацкий строй так и не смогли. В бою был ранен предводитель татарской конницы Маметкул. Хуже всего для хана Кучума было то, что его наспех собранное войско стало разбегаться. Вогульские и остяцкие отряды «убегоша во свои жилища».
В ночь на 26 октября 1582 г. хан Кучум бежал из столицы. На следующий день в Искер вошел Ермак со своей ратью. Здесь казаки нашли значительные запасы продовольствия, что было особенно важно, так как предстояло зимовать в Сибирском «царстве». Чтобы удержаться в крепости, удаленной от России на тысячи километров, Ермак, как мудрый стратег, сразу же постарался установить дружеские связи с вогульскими и остяцкими «князьями». И это ему удалось, однако первая зимовка в завоеванном Искере стала трудным испытанием. Не прекращались бои с конными отрядами Маметкула, наносившими быстрые, коварные и подчас весьма болезненные удары. Татары мешали казакам ловить рыбу, охотиться, поддерживать отношения с местными вогульскими и остяцкими «князьями». Быстротечные схватки нередко перерастали в упорные, кровопролитные бои. В начале декабря 1582 г. татарский отряд неожиданно напал на казаков, рыбачивших на озере Абалак, и убил многих из них. Ермак поспешил на выручку, но под Абалаком на него напало многочисленное войско Маметкула.
Русские ратники одержали победу, но потери оказались значительными. В бою пало четыре казацких атамана и множество простых казаков.
Разгромив большое татарское войско, Ермак сразу же постарался поставить под свою власть соседние земли. В разные стороны по Иртышу и Оби были разосланы казацкие отряды. Один из таких отрядов сумел пленить самого «царевича» Маметкула. Летом 1583 г. казацкая «судовая рать» двинулась по Иртышу, подчиняя местных князьков и собирая ясак. Выйдя на реку Обь, казаки попали в малонаселенные места и после трехдневного плавания по великой реке повернули обратно.
В результате постоянных столкновений казаков становилось все меньше и меньше, и тогда Ермак решил просить подмоги у царя Ивана Грозного. В Москву из Искера была отправлена первая станица из двадцати пяти казаков с атаманом Черкасом Александровым во главе. Собранный ясак и донесение Ермака о «сибирском взятии» повезли на двух стругах.
Иван Грозный сразу оценил важность полученного донесения. Посольство было встречено милостиво и просьба исполнена. Отряд стрельцов повел к Ермаку воевода князь Семен Волховской. Царским повелением Строгановым было приказано подготовить пятнадцать стругов. Отряд прибыл в Искер в 1584 г., но толку от него было мало: подкрепление было немногочисленным, стрельцы не привезли с собой продовольствия, казаки же сумели заготовить припасы только для себя. В результате к весне у Ермака осталось лишь около двухсот боеспособных воинов. Все присланные стрельцы вместе с воеводой Семеном Волховским умерли от голода.
Весной Искер был окружен воинами Карачи — главного ханского сановника, который надеялся взять город осадой и голодом. Но Ермак нашел выход из этой непростой ситуации. Темной июньской ночью несколько десятков казаков во главе с Матвеем Мещеряком незаметно вышли из города и напали на стан Карачи. Казаки порубили стражу. На месте схватки остались лежать двое сыновей Карачи, но сам он сумел бежать. На следующий день Карача снял осаду Искера и стал отступать на юг. Ермак с сотней своих казаков устремился следом за ним. Это был последний поход легендарного казачьего атамана. Сначала поход проходил удачно, казаки одержали над татарами две победы: возле Бегичева городища и в устье Ишима. Но затем последовал неудачный штурм городка Кулары. Атаман приказал двигаться дальше. По реке казацкие струги поднялись до урочища Атбаш, окруженного непроходимыми лесами и болотами.
Свой последний бой Ермак принял в ночь на 6 августа 1585 г. Казаки заночевали на острове, не подозревая, что врагам известно о месте их ночевки и они ждут только удобного момента для нападения. Татары напали на сонных казаков, начался настоящий бой. Казаки стали пробиваться к стругам, чтобы отплыть от острова. Видимо, Ермак отступал одним из последних, задерживая татар и прикрывая своих товарищей. Он погиб уже у самой реки или утонул, не сумев из-за ран подняться на судно.