Корабельные экипажи – нижние чины и офицеры, в том числе наемные иноземцы, после ликвидации Азовского флота «переехали» служить на флот Балтийского моря, где было много вакансий. Так же поменяли место жительства многие воронежские корабелы, которые, покинув берега Дона, нашли себе применение на берегах Невы, на адмиралтейских верфях Санкт-Петербурга и в других северных местах. То и другое стало прямой заботой генерал-адмирала в силу его прямых служебных обязанностей.
Для Ф.М. Апраксина все это было большим моральным ударом в силу того, что русскому Азовскому флоту и кораблестроению в Воронеже он отдал в свое время много сил и энергии. После всех этих малоприятных дел генерал-адмирал возвратился в Санкт-Петербург.
Без конкретных дел в столице ему сидеть и бывать при царском дворе долго не пришлось. Царь доверил своему ближайшему соратнику командование флотом Балтийского моря. Андреевскому кавалеру и генерал-адмиралу графу Федору Матвеевичу Апраксину предстояло самое деятельное участие в войне на территории и в прибрежных водах Финляндии. Военные действия переносились на подступы собственно к Швеции.
В том же, 1711 году генерал-адмирал Ф.М. Апраксин участвовал в экзамене, устроенном царем Петром I для «недорослей», обучавшихся за границей, в Европе. Это были, по всей видимости, лучшие ученики созданной по царскому указу в 1701 году Математико-навигационной школы для «недорослей от 12 и до 20 (и даже старше) лет». В первом наборе школы обучалось всего… 4 человека из числа «охочих». Тогда царь повелел провести принудительный набор, и к концу 1702 года в обучавшихся «навигаторах» значились уже все 200 учеников. В их число входил и племянник графа Ф.М. Апраксина, одного из «птенцов гнезда Петрова». Школа размещалась в знаменитой «на Москве» Сухаревой башне.
В Сухаревой башне обучались дети дворян и людей боярских, подьячих, церковных служителей, посадских людей, солдат и унтер-офицеров, прочих чинов и сословий русского общества, кроме крестьян. Две трети учеников были дворянскими детьми.
Московская Математико-навигационная школа стала родоначальницей военно-морского образования в России. Оно получило развитие в ходе войны со Швецией, что привело к возникновению Морской академии. Она была образована по петровскому указу 1 сентября 1715 года в Санкт-Петербурге для исключительно дворянских недорослей, то есть с самого начала своего существования это было привилегированное учебное заведение. Ее штат был определен в 300 человек. Кроме этого, 30 человек обучалось на геодезическом отделении.
В силу своего служебного положения генерал-адмирал Ф.М. Апраксин часто бывал в ее стенах, проявляя заботу о нуждах Морской академии. Он же распределял учеников на морскую практику, которая проводилась на кораблях-парусниках Балтийского флота. Генерал-адмирал радел за лучших учеников, стремясь к тому, чтобы среди командиров кораблей все больше и больше становилось «природных россиян», а не наемных иноземцев, у которых офицерские патенты не всегда соответствовали знаниям и опыту иноземцев, желавших поступить на русскую морскую службу. И такими вопросами занимался человек в ранге генерал-адмирала.
Часть навигаторов, освоивших в Сухаревой башне азы своей будущей профессии, посылалась в Европу для углубленного изучения морских наук и морской практики. Многие из них, будучи из семей знатных и богатых, получая от родителей на жизнь большие деньги при отсутствии контроля за своей учебой, «окунулись в разгульную жизнь». Об изучении военно-морского дела такие недоросли как-то не задумывались.
Царь Петр I о таком был наслышан. В 1711 году он в присутствии генерал-адмирала Ф.М. Апраксина лично принял экзамены у всех молодых моряков, возвратившихся домой из заграничного плавания. Это испытание закончилось полным конфузом для большинства экзаменуемых навигаторов. И стало наукой для организаторов военно-морского обучения.
По этому поводу Ф.М. Апраксин с нескрываемой тревогой за судьбу племянника Александра, находившегося на учебе за границей, писал ему, чтобы тот и не думал возвращаться в Отечество недоучкой:
«…Понеже (он, Александр Апраксин) не познает науку морскую от вымпела до киля, ибо из поспешивших возвратиться в Россию в прежнем чине (волонтеры получали производство в офицеры на иностранных флотах.
Это был лишь один из многих примеров того, как государь радел за свое детище – военный флот, за «качество человеческого материала» на нем, за престиж чинов корабельных офицеров. И тем навигаторам знатных фамилий, провалившимся на том экзамене, пришлось не один год осваивать морское дело, прежде чем им возвратили офицерские патенты, полученные на флотах Голландии, Англии и других европейских стран.