В сентябре – октябре 1944 г. 2-й Украинский фронт ведет бои на территории Румынии и Венгрии, и среди них следует особо выделить проводившуюся в начале октября самостоятельную Дебреценскую наступательную операцию, результатом которой стало освобождение Трансильвании и занятие выгодного стратегического расположения для захвата Будапешта.
29 октября началось наступление на столицу Венгрии, и здесь необходимо отметить мужество Малиновского не только на поле боя, но и в отстаивании своей позиции перед Верховным. Маршал разошелся со Сталиным во мнении о дате начала наступления и не побоялся вступить с ним в спор в разговоре по ВЧ. Процитируем этот крайне нехарактерный для того (да, пожалуй, и для любого) времени диалог между главой государства и его маршалом:
«
Начавшееся наступление полностью подтвердило правоту Малиновского. События развивались в точности так, как он предсказывал Сталину, и город удалось взять лишь 13 февраля 1945 г. Но и в этих тяжелых условиях командующий фронтом проявил высокое полководческое искусство. Он сумел окружить будапештскую группировку и отразить сильные деблокирующие удары противника, имевшего значительное превосходство в танках.
Отметим, что именно под Будапештом прошла последняя наступательная немецкая операция в войне («Весеннее пробуждение»), в ходе которой эсэсовские танковые части целой танковой армии генерала Зеппа Дитриха так и не смогли выполнить поставленной перед ними задачи.
Ярость Гитлера была настолько велика, что он приказал всей 6-й танковой армии СС снять именные нарукавные нашивки (это было равносильно лишению боевых наград). В ответ на это незаслуженное оскорбление наиболее боеспособных танковых частей рейха (эсэсовцы во время боев в Венгрии сделали все, что могли, и понесли огромные потери) командующий армией генерал-полковник войск СС Зепп Дитрих собрал все свои боевые награды в один горшок и отправил с курьером фюреру.
После взятия Будапешта победное продвижение войск фронта продолжилось. Вслед за Западно-Карпатской наступательной операцией следует Дьерская, в результате которой была освобождена часть Чехословакии и восточной Австрии.
Затем, совместно с 3-м Украинским фронтом, Малиновским проводится Венская наступательная операция, в ходе которой была очищена от гитлеровцев вся Венгрия и восточная Австрия, а 13 апреля освобождена Вена. Были разбиты 32 немецких дивизии, взято в плен 130 тысяч немецких военнослужащих, уничтожено или взято в качестве трофеев 1300 танков и штурмовых орудий, 2250 полевых орудий. Теперь путь в Германию был открыт и с южного фланга.
После Венской наступательной операции, 26 апреля 1945 г., Малиновский награждается высшей полководческой наградой – орденом «Победы».