«Полковник Малино» участвует во многих боях в Испании, в том числе обороне Мадрида и сражении под Гваладахарой. Приведем яркую зарисовку Малиновского об армии республиканцев, в которой главным достоинством военачальника считалась не столько полководческая одаренность, сколько безумная личная храбрость. Когда он прибыл в дивизию Энрике Листера, тот пригласил советского военного советника на командный пункт, который прицельно обстреливала артиллерия и пулеметы франкистов: «Я никогда не был сторонником показной храбрости и тогда, на командном пункте, понимал, что наша рисовка друг перед другом ни к чему. Но что поделаешь, разумная осторожность могла уронить меня в глазах этого храброго человека… Над головами, над чахлыми безлистыми кустарниками посвистывают пули. Мы прогуливаемся с Листером от домика до дворовой изгороди, от изгороди до домика. У генерала вид человека, совершающего послеобеденный моцион, я тоже показываю, что пули беспокоят меня не более, чем мухи. Перебрасываемся короткими деловыми фразами. От домика к изгороди, от изгороди до домика. Начинает смеркаться, будто невзначай рассматриваю на рукаве рваный след пули. – Полковник Малино! – с улыбкой восклицает Листер. – Мы еще не отметили нашу встречу. – И подзывает адъютанта: – Бутылку хорошего вина!»
О том, насколько эффективной была деятельность Малиновского в Испании, свидетельствует тот факт, что в 1937 г. он был награжден сразу двумя орденами – Ленина и Боевого Красного Знамени.
После возвращения из спецкомандировки Малиновский служит в штабе Белорусского военного округа (в июне 1940 г. ему присваивается звание генерал-майора), а в марте 1941 г. назначается в Одесский военный округ командиром 48-го стрелкового корпуса, расположенного в Бельцах. Корпус Малиновского встречает 22 июня врага на линии государственной границы по реке Прут и участвует в тяжелом приграничном сражении. Несмотря на то что под напором превосходящих немецко-румынских сил 48-й корпус был вынужден отойти, но провел отход в полном порядке, и стоило это фашистам значительных потерь.
Под Николаевом корпус попал в окружение, но Малиновский сумел прорвать кольцо блокады и после переправы у Каховки выйти к расположению частей Южного фронта.
Командующий Южным фронтом генерал-полковник Яков Черевиченко дал следующую оценку своему комкору: «Тверд, решителен, волевой командир. С первых дней войны товарищу Малиновскому пришлось принять совершенно новые для него дивизии. Несмотря на это, он в короткий срок изучил особенности каждой дивизии. В сложных условиях боя руководил войсками умело, а на участке, где создавалась тяжелая обстановка, появлялся сам и своим личным примером, бесстрашием и уверенностью в победе воодушевлял войска на разгром врага. В течение месяца войны части корпуса Малиновского бессменно вели упорные бои с превосходящими силами противника и вполне справились с поставленными перед ними задачами. Сам Малиновский за умелое руководство представлен к награде».
В августе 1941 г. Малиновский назначается сначала начальником штаба 6-й армии (созданной на базе Резервной армии и управления 48-го корпуса), а вскоре и ее командующим.
Командованием фронта 6-й армии была поставлена задача оборонять днепровский рубеж северо-западнее Днепропетровска, а также сам город. Выполняя ее, особенно тяжелые бои армия ведет с целью выбить немцев из Ломовки (левобережный район Днепропетровска). Несмотря на тяжелые потери, поставленная задача была выполнена – Малиновский не только не допустил прорыва на своем участке, но и надолго сковал значительные силы гитлеровцев, что замедлило их общее продвижение в пределах фронта.
За умелое руководство войсками в ноябре Малиновский награждается орденом Ленина (что в 1941 г. было очень редким явлением) и производится в генерал-лейтенанты.
Продемонстрировавшего свою эффективность полководца Сталин (тщательнейшим образом отслеживавший военные кадры) в декабре назначает командующим Южным фронтом. Верховному главнокомандующему именно на этом фронте был особенно необходим такой решительный и умелый полководец, учитывая, что силами Южного и Юго-Западного фронтов (командующий – генерал-лейтенант Федор Костенко) готовилась Барвенковско-Лозовская стратегическая наступательная операция. Операция проводилась с 18 по 31 января 1942 г. и была, в целом, успешна, в том числе благодаря умелым действиям командующего Южным фронтом. Однако в силу ряда причин, в первую очередь – малое количество танков и артиллерии, а также недостаточное взаимодействие между фронтами, полностью задачи, поставленные Ставкой, выполнены не были.
Стратегической целью операции было нанесение совместного удара силами двух фронтов в общем направлении на Запорожье, чтобы прорвать очаговую немецкую оборону между Балаклеей и Артемовском, выйти в тыл донбасско-таганрогской группировке противника, после чего, отрезав ей путь отхода на Запорожье, прижать к азовскому побережью и полностью уничтожить.