К 22 июня 1941 г. генерал-майор Р. Я. Малиновский командовал 48-м стрелковым корпусом Одесского военного округа. Приграничные сражения в Молдавии с 22 июня по 26 июля 1941 г. (в немецкой военной историографии — операция «Мюнхен») разворачивались относительно благополучно для советских войск. Во-первых, атакующие силы немцев и румын (11-я немецкая армия — командующий генерал-полковник Ойген фон Шоберт, 3-я румынская армия — командующий корпусной генерал Петре Думитреску и 4-я румынская армия — командующий корпусной генерал Николае Чуперца, 4-й немецкий авиационный корпус — командир генерал-лейтенант Курт Пфлюгбейль) не смогли в этом регионе застать части Красной армии врасплох. Руководство Одесского военного округа еще до получения из Москвы в ночь на 22 июня директивы о приведении войск в боевую готовность распорядилось занять позиции на границе и рассредоточить авиацию по запасным аэродромам. Тогда же штаб округа был переведен в полевой командный пункт под Тирасполем.
Поступившая директива, среди прочего, гласила: «Задача наших войск — не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения», однако войска Одесского округа были сразу подняты по тревоге.
А во-вторых, поначалу немцы отводили южному направлению второстепенную роль, предполагалось сковывать здесь советские силы, пока группа армий «Юг» не продвинется достаточно далеко в направлении главного удара по Украине. Румынскими войсками здесь руководил лично сам кондукэтор (вождь) Ион Антонеску. Интенсивное наступление в направлении Яссы — Бельцы началось утром 2 июля.
5 июля командующий Южным фронтом И. В. Тюленев без согласования с Москвой приказал отвести войска за Днестр и организовать оборону по линии укрепленных районов. Но Ставка разрешила отвести только правый фланг 18-й армии, приказав бросить остальные силы в контрнаступление.
Утром 8 июля 48-й стрелковый корпус, которым командовал Р. Я. Малиновский, вместе с другими частями атаковал наступающего противника. Генерал Ойген фон Шоберт даже запросил у начальства разрешения остановить наступление.
Отбросить немцев и румын обратно за реку Прут оказалось невозможно, но двое суток яростных встречных боев задержали две армии противника, позволив советской 18-й армии отойти в полном порядке и занять Могилев-Подольский укрепленный район.
В ходе отступления под натиском превосходящих сил противника Р. Я. Малиновский смог сохранить основные силы корпуса. В августе 1941 г. был назначен командующим 6-й армией. 9 ноября произведен в генерал-лейтенанты, а в декабре был назначен командующим Южным фронтом.
Барвенково-Лозовская операция
В январе 1942 г. войска Южного фронта в ходе Барвенково-Лозовской операции нанесли поражение немцам в районе Харькова и оттеснили их на 100 км. Подготовка к этой операции, проведенной силами Южного и Юго-Западного (командующий — Ф. Я. Костенко) фронтов, началась в первых числах января. Изначально планировалось прорвать оборону противника между Балаклеей и Артемовском, выйти в тыл донбасско-таганрогской группировки, прижать ее к берегу Азовского моря и уничтожить. Это означало, что Красной армии пришлось бы форсировать реку Северский Донец в невыгодных условиях, наступая с левого пологого берега на высокий берег, занятый противником, а именно — 17-й полевой армией под командованием Германа Гота. Кроме нее, в группу армий «Юг» входили 6-я армия Фридриха Паулюса и 1-я танковая армия Эвальда фон Клейста.
Утром 18 января войска Юго-Западного и Южного фронтов пошли в наступление на участке от Балаклеи до Славянска и прорвали оборону противника. К вечеру 23 января был взят город Барвенково, где тотчас был оборудован вспомогательный пункт управления наступающими войсками. Ожесточенные бои велись на берегах реки Самара, которую части Красной армии форсировали или пытались форсировать в нескольких местах. 4-я гвардейская (132-я) танковая бригада перерезала автодорогу Краматорск — Петропавловка. Точки активного сопротивления противника, если не удавалось подавить его сразу, старались окружить и обойти. В наступлении участвовали моторизованные, кавалерийские и пехотные части.
Причем, несмотря на очевидную значимость техники в этой войне, конники достаточно часто достигали успеха. Так, 27 января 34-я кавалерийская дивизия 5-го кавалерийского корпуса форсировала реку Бык и захватила село Криворожье, разгромив немецкую пехоту.