В Карфагенскую Церковь вкрались большие беспорядки. Опасения Киприана насчет исповедников оправдались. Некоторые из них, гордясь своим подвигом, начали нарушать правила церковного благочиния и вести жизнь предосудительную. Исповедникам, оказавшим твердость при допросе и истязаниях, остальные христиане оказывали великий почет. Если кто-то из отрекшихся хотел быть вновь принятым в общение с верующими, то ходатайство исповедников за него имело большой вес, но от этого постепенно начал утверждаться обычай, не соответствующий церковному благочинию. В Церкви издавна существовало правило, по которому тяжко согрешившие на время отлучались от общения с верующими и опять принимались не иначе как после покаяния. Его срок зависел от состава преступления и от степени раскаяния. Это решал епископ. Отречение от Христа считалось одним из тягчайших преступлений. Отрекшийся своим отречением сам отказывался от общения с Церковью. Теперь, во время гонения, это явление повторялось повсеместно. Отрекшиеся потом часто искренне раскаивались и даже шли на мученическую смерть. Как нужно было действовать Церкви? Исповедники, оставшиеся верными, подавали падшим руку помощи, ободряли их своей любовью и участием. Так действовали и лионские мученики, и падшие доказали раскаяние своей мученической смертью. Но некоторые карфагенские исповедники стали давать от своего имени разрешительные грамоты отрекшимся, не стараясь даже убедиться, искренно ли они каются. Таким образом, нарушалось давнее постановление Церкви. И некоторые малодушные христиане тем легче решались спасать свою жизнь отречением, что знали, что потом, когда минует опасность, они опять будут приняты в Церковь, если только у них будет записка от исповедника.
Это нарушение церковных правил самими исповедниками стало причиной споров и беспорядков, долго волновавших Церковь. В противоположность тем, которые легко принимали падших по записке исповедников, некоторые епископы и пресвитеры стали проповедовать чрезмерную, неумолимую строгость, утверждая, что столь тяжкое прегрешение должно навсегда лишить их общения с Церковью. Вопрос о падших был представлен на обсуждение Киприану. Он оставил его решение до своего возвращения, а в письмах давал советы, полные христианской любви и мудрости, умоляя христиан поддерживать друг друга взаимной любовью и не допускать вражды и споров.
«Раздорам и ссорам не должно быть места между теми, которым Господь оставил мир Свой, — писал он. — Умоляю вас, воздерживайтесь от укоров и брани; ибо тот только, кто говорит миролюбиво, искренно и согласно с учением Христовым, подражает Господу. Мы отреклись от мира при крещении; на деле же доказываем свое отречение от него, когда испытанные Богом, отказываемся от собственной воли, чтобы следовать Христу и хранить веру и страх Божий. Станем укреплять друг друга взаимными увещаниями; будем стараться возрастать во Христе, — дабы тогда, когда Он, в милости Своей, дарует нам мир и спокойствие, возвратиться в Церковь с душою обновленной…»
Киприан беспрестанно напоминает христианам о силе молитвы. «Сам Господь молился о нас, — писал он, — ибо хотя Сам безгрешный, Он нес грехи наши. И если Он страдал и болезновал о грехах наших, то не нам ли быть постоянными в молитве? Братья, будем молиться Господу Иисусу, а чрез Него мы получим милость от Бога Отца. Отец испытывает нас и сохранит нас, если среди испытаний мы останемся тверды в вере и не отступим от Христа Его. Написано: кто отлучит нас от любви Христовой? мучения, или гонение, или голод, или нагота, или опасность, или меч? Ничто не отлучит истинно верующих, тех, которые твердо держатся Его Тела и Крови. Гонение — это испытание нашей веры. Господь пожелал испытать нас и не отказывает верующим в помощи Своей. Обратим к Нему взоры наши, дабы земля не прельстила нас своими соблазнами. Когда Господь увидит нас смиренными и кроткими, связанными взаимною любовью и исправленными бедствиями, Он избавит нас. Сперва наказание, а затем помилование…»