Среди общего смятения один Иоанн был спокоен. Горячая вера и полная покорность воле Божией возвышали его над всяким земным страхом и внушали ему равнодушие к превратностям судьбы. О себе он не беспокоился, но мысль о пастве тревожила его, и ей посвятил он эти последние дни. Он, то переходя из своего дома в соборный храм и обратно, утешал плачущих друзей и приверженцев, советами направляя их будущую деятельность, то в храме обращал ко всему народу горячие слова любви, увещания и наставления. Вечером второго дня произнес он в храме св. Софии слово, которое история сохранила: «Сильные волны, жестокая буря. Но я не боюсь потопления, ибо стою на камне. Пусть свирепствует море: оно не может сокрушить камня; пусть поднимаются волны: они не могут потопить корабля Иисусова. Скажите, чего мне бояться? Ужели смерти?
На следующий день, около полудня, один из придворных императора принес Иоанну повеление немедленно оставить город, прибавив, что при малейшем сопротивлении со стороны народа будет употреблена воинская сила. Тогда Иоанн решил удалиться тайно и вместе с приставленным к нему чиновником потаенным ходом вышел из дома и направился в отдаленную часть города, где скрывался в одном доме до наступления сумерек. Вечером он со своим провожатым вышел к пристани. Но по пути его узнали, и тотчас же по городу разнеслась весть, что архиепископа увозят. Толпа хлынула к морю, чтобы помешать его удалению, но Иоанн остановил народ. «Я обязан повиноваться императору, — сказал он, — и не желаю, чтобы хоть одна капля крови пролилась из-за меня». Он поспешно вступил на корабль, уже готовый принять его, и вскоре ночная темнота скрыла от взоров народа удалявшегося святителя.
Всю ночь Константинополь был в волнении. Дома бедных опустели, народ наполнял храмы, толпился на улицах и площадях, воссылая горячие моления о любимом пастыре, негодуя на врагов его и повторяя просьбу о созвании законного Собора.
Поутру смятение еще больше возросло. До сих пор Феофил не решался явиться в Константинополь, но после удаления Иоанна, рано поутру, он с толпой приверженцев вступил в столицу и начал было распоряжаться в Церкви, как победитель в покоренной области: отменять распоряжения Иоанна, низлагать верных ему священнослужителей и замещать их своими единомышленниками, награждая их тем за действия против архиепископа. Народ в сильнейшем негодовании встал на охрану церквей, не пуская в них пришельцев или силой изоняя их, нанося оскорбления епископам, которые участвовали в соборе. Когда сам Феофил захотел войти в кафедральный собор, он встретил сильное сопротивление. Сопровождавшие его александрийцы обнажили мечи, и у дверей храма, а затем и в самом храме завязался ожесточенный бой. Пролилась кровь; были раненые и убитые. Феофил в ужасе бежал и впоследствии, спасая свою жизнь от ярости народа, на утлой ладье отплыл из Константинополя.
Подобные кровопролитные схватки происходили и в других церквах. Вступили в дело солдаты, и язычники ликовали, видя распри христиан.