Ночь принесла с собой новые ужасы. Произошло сильное землетрясение. Подземные удары были особенно сильны около царского дворца и в самом дворце. Среди ночи императрица Евдоксия, в ужасе, в слезах, вбежала к императору. «Мы изгнали праведника, — воскликнула она, — и Господь за то карает нас. Надобно его немедленно возвратить, иначе мы все погибнем». Император, разумеется, согласился. Евдоксия сама написала Иоанну письмо, в котором, заверяя его, что она не виновата в его осуждении, именем Бога умоляла возвратиться.
Тотчас же был отправлен с этим письмом один из придворных. За первым посланным последовал второй, третий — так нетерпеливо ожидала испуганная императрица возвращения Иоанна. Народ узнал о случившемся, и вскоре весь Константинопольский залив покрылся лодками. Кто спешил навстречу святителю, кто ждал его на пристани, чтобы его приветствовать. К ночи лодки осветились факелами, по всему берегу зажглись огни, и архиепископ вернулся при радостных криках своей верной паствы.
Но он не захотел входить в город, пока не будет всенародно объявлена незаконность его осуждения, и остановился в одном из предместий. Императрица, узнав об этом, прислала просить его войти в столицу. Народ почти насильно ввел его в кафедральный собор, прося благословения и слова. Иоанн в храме св. Софии благословил свою паству, произнес хвалебное слово Богу и прочел письмо императрицы.
Конечно, Иоанн не мог считать законными постановления лжесобора и имел полное право продолжать свое святительское служение, но он желал, чтобы всенародно была открыта его правота, и потому тотчас после своего возвращения упросил императора Аркадия созвать в Константинополе церковный Собор, который рассмотрел бы действия собора Дуба. Ему хотелось, чтобы на этом новом Соборе присутствовали и прежние участники собора. Но при его возвращении они поспешили удалиться, боясь народной вражды; и лже-собор Дуба рассеялся, не закончив даже всех дел, которые подлежали рассмотрению.
Иоанн же между тем с прежней ревностью вел дела Церкви, учил, проповедовал, удалил несколько недостойных священнослужителей, с новой силой обличал пороки и уклонения от заповедей Христовых. Разумеется, никто из старых врагов не примирился с ним. Напротив, неудача их замыслов и его торжественное возвращение еще более озлобили их против святителя. Они только и ждали удобного случая, чтобы начать новые козни. Случай этот скоро представился.
Прошло месяца два после возвращения Иоанна. По настойчивому желанию тщеславной и властолюбивой Евдоксии в конце сентября 403 г. ей воздвигли серебряную статую на площади, перед собором св. Софии. При ее открытии на площади происходили шумные увеселения, носившие языческий характер. Иоанн просил правителя города положить конец бесчинству, оскорбляющему святыню храма, но его слова были тщетны. Более того, в них увидели оскорбление императрице. Ее гнев вновь воспылал. Шумные увеселения на площади не прекратились. Особенно в праздничные дни привлекали они много народа. Крики, громкие песни, звуки музыки долетали до храма, заглушая церковное чтение и пение. Иоанн тогда произнес в церкви сильную речь против зрелищ: «Опять Иродиада пляшет, опять Иро-диада волнуется, опять требует главы Иоанна!» — говорил святитель. Императрице донесли, что в этой речи были слова, оскорбительные для нее.
Враги Златоуста теперь оживились новыми надеждами и употребили все усилия, чтобы окончательно погубить его. В это время рассылались грамоты, призывающие духовенство на предстоящий Собор. Была отправлена такая грамота и Феофилу Александрийскому, которого и все враги Иоанна убедительно просили прибыть. Он отказался, хорошо помня опасность, которой подвергся в Константинополе, но издали направлял все действия своих единомышленников, которым удалось так настроить императора Аркадия, что в праздник Рождества Христова император не захотел присутствовать при торжественном богослужении в соборном храме св. Софии, говоря, что не может быть в общении с епископом, низложенным собором Дуба.
Вскоре, в начале января 404 г., начались заседания Собора. Он был созван по желанию Златоуста, чтобы доказать незаконность действий собора Дуба, но его враги, руководимые Феофилом, постарались сделать из него новое орудие против святителя. Они, прежде всего, старались доказать, что Иоанн не имеет права считаться епископом после того, как был низложен собором Дуба, и что, нарушив это правило, не только он должен считаться отлученным от Церкви, но и все те, которые были в общении с ним, как с епископом.
Оказалось, что правило, на которое ссылались враги Иоанна, было постановлением арианского лжесобора, направленным против святого Афанасия Великого, когда еретики старались погубить этого твердого защитника христианской истины. Следовательно, на это постановление опираться было невозможно. Это доказали немногочисленные защитники Иоанна. Его враги были посрамлены, но не унывали и, наконец, за неимением других средств против святителя, убедили императора употребить силу.