Избранный первым Великим Мастером «объединенных лож Короны и Литвы» Потоцкий провел кардинальную реорганизацию польского масонства, и вскоре (март 1784 года) на почве реорганизованного масонства была учреждена ложа Великий Восток Польши. В ее состав входили 13 объединенных лож: 4 ложи варшавского Великого Востока («Екатерина под Северной звездой», «Святыни Изиды», «Северный щит» и «Богиня Элевзис»), 4 – виленского («Совершенное единство», «Ревностный литвин», «Добрый пастырь», «Храм мудрости»), 3 – познаньского («Увенчанное постоянство», «Белый орел», «Школа мудрости»), 1 – дубнянского («Совершенная тайна») и 1 – гродненского («Счастливое освобождение»).
После Игнатия Потоцкого, который отказался от своего молотка в январе 1789 года ввиду предстоящего разрыва Польши с Россией, временно обязанности Великого Мастера исполнял генерал Андрей Мокроновский, а после него – Щенский. Вскоре на место Потоцкого в качестве постоянного главы был избран «доблестный патриот» Казимир Нестор Сапега, сеймовый маршал и генерал от артиллерии.
Охватившее всю Польшу антирусское движение затронуло и масонские ложи: в том же 1789 году по случаю королевских именин «материнская» ложа «Екатерина под Северной звездой» была переименована в «Станислава Августа под Северной звездой».
В польских областях, отошедших к Австрии и России, все масонские организации были запрещены: в Австрии – в 1795 году, в России – в 1797-м. И только в областях, отошедших к Пруссии, масонство продолжало развиваться и процветать, но это, правда, относится уже не столько к польским, сколько к немецким ложам, а именно: к ложам
Такое положение дел существовало до 1807 года, когда отвоеванные у Пруссии польские области Наполеон объединил в новое польское государство – Великое герцогство Варшавское. В этом маленьком государстве, обязанном своим возникновением великому Наполеону, на новых, соответствовавших изменившемуся политическому положению началах и возродилось польское масонство. Правда, теперь оно взяло за основу французский образец и находилось в тесных отношениях с Великим Востоком Франции. Под протекторатом последнего в 1807 году в восточной части Варшавы возникает ложа «Объединенных братьев поляков и французов», где особа Наполеона была окружена особым почитанием, доходившим до религиозного культа. Дошло до того, что за особые заслуги была учреждена орденская лента пепельного цвета – в память о «цвете верхнего платья, в котором в 1806 году впервые вступил на польскую землю великий Наполеон, освободитель польского народа».
«Объединенных братьев» вдохновляла надежда на то, что вскоре Наполеон объединит под своим началом все территории поделенной Польши, что, как они чаяли, приведет к постепенному росту и укреплению польского масонства, к возрождению старых польских лож («Святынь Изиды», «Богини Элевзис», «Северного щита» – в Варшаве, «Побежденного предрассудка» – в Кракове) и к переходу прусских лож в зависимость от Парижа.
Однако политические события 1812–1813 годов вновь создают перебои в деятельности масонских организаций, хотя, несмотря на официальное постановление Великого Востока Польши от 30 января 1813 года о временном закрытии лож, некоторые из них (в том числе и сам Великий капитул) продолжают тайно вести работу в течение всего 1813 года. Благотворительные масонские общества в Варшаве, Вильно, Кракове и других городах, управляемые избранными из среды местных лож комиссиями, оказывают деятельную помощь военнопленным, находящимся в госпиталях больным и семьям погибших.
В новую фазу деятельности польское масонство вступило только в 1815 году, когда, согласно постановлению Венского конгресса, значительная часть Великого герцогства Варшавского была присоединена к Российской империи.
Польские масоны, назвавшие, как уже говорилось выше, в конце XVIII века (вероятно, в порыве верноподданнических чувств) одну из лож в честь «великодушной русской монархини», а затем перенесшие свое почитание на Наполеона, «посланного для освобождения польского народа», теперь, после его падения, вновь обратили свои взоры к России, к восходящей звезде русского императора, который оказывал знаки внимания Костюшко, дружил с Адамом Чарторыйским и даже не пожелал при въезде в Краков принять ключи от мэра города, называя себя «не победителем, а другом поляков». В жизни польского масонства начинается очередная стадия – полоса веры в нового «воскресителя» Польши, императора Александра I.