Женат Борис Кириллович был дважды. Первая жена — N. N. Гневашева, и детей у них не было; вторая жена Марфа Михайловна Шенурова, у них было (доживших до совершеннолетия) семеро сыновей и три дочери. Из дочерей — первая была за Григорием Григорьевичем Монастыревым, умерла вскоре после свадьбы; вторая, Марья — в первом браке Власьева, во втором Волоцкая; третью — Федору — в 1671 г. братья выдали замуж за Михаила Григорьевича Шубина.
Старшие сыновья Бориса Кирилловича — Семен, Федор и Петр — погибли, так же как трое их двоюродных братьев, в 1660 г. под Чудновым. Причем у Семена и Федора к тому времени было по два сына. Последними известными их потомками были два правнука Бориса Кирилловича, Григорий и Александр Никитичи. Оставшиеся в живых сыновья Бориса Кирилловича — Афанасий, Василий, Иван и Михаил. Из средних сыновей, у Василия Борисовича было восемь сыновей, последним известным его потомком был правнук, Николай Иванович Брянчанинов, скончавшийся 5 сентября 1848 года. В Вологодских губернских ведомостях ему был посвящен обширный некролог: «Служба его началась в 1786 году. Годы цветущей молодости он посвятил службе военной в гренадерских полках. С 20 декабря 1806 г. по 31 мая 1808 г. был ротным начальником в Земской милиции, за что награжден Золотой медалью. С 1811 г. служил по выборам от дворянства, избираем был на семь трехлетий Губернским предводителем дворянства, и седьмое трехлетие было последним для его службы и жизни. Награжден был орденами: Св. Анны 2 ст. и Св. Владимира 4 ст. и 3 ст., а также имел знак отличия беспорочной службы за 35 лет. Скончался тихо и отошел в горния обители, чтобы встретиться там с супругою Марией Федоровной, скончавшейся около двух лет назад».
У второго, среднего, сына, Ивана Борисовича, было двое сыновей, из них Кирьян скончался без потомства, а у Михаила, в свою очередь, было пятеро сыновей, из которых двое служили во флоте; но на внуках и прекратилось потомство Ивана Борисовича.
Что касается Афанасия Борисовича и Михаила Борисовича, то им суждено было стать пращурами наиболее известных с XVIII в. линий Брянчаниновых. Разъединившись в первой половине XVII в., их потомки, волею судьбы, вновь соединятся на рубеже ХVІІІ-ХІХ вв. и в результате их соединения появится тот, кто прославит фамилию Брянчаниновых на все грядущие времена.
Первое упоминание об Афанасии Борисовиче Брянчанинове относится к 1659 г., когда он в должности жильца по указу Государя «потчивал» Грузинского царевича Николая Давидовича. В 1660 г., в год гибели своих братьев, он уже стряпчий; в 1679 г. — Галичский воевода. 19 февраля 1682 г. он подал челобитную об отпуске его из Казани в Москву по болезни, из-за которой он был освобожден от воеводства.
В конце 1666 г. Афанасий Борисович женился на Александре Перелишиной, и у них был (дожил до зрелого возраста) один сын Иван.
К 1676 г. относится раздельная запись Василья, Ивана и Михаила Борисовых, детей Брянчаниновых, своему брату Афанасию о разделе выслуженного поместья их отца, по которой Афанасию Борисовичу, среди прочих недвижимостей, досталось сельцо Юрово, остававшееся у его потомков до 1917 г. Афанасий Борисович — единственный из Брянчаниновых XVII в., после которого осталось большое число купчих и меновых записей за период с 1663 г. и почти до конца его жизни, то есть он уже в те времена деятельно занимался приведением своего имения в порядок, его увеличением, округлением границ и т. п. К концу жизни он был уже одним из самых состоятельных помещиков, приписанных к Вологде. Скончался он в 1704 г. и все его имение перешло к его сыну Ивану (р. 1668/69 — ск. 1710), о котором известно лишь, что в 1694 г. он был пожалован в стольники и что в 1693 г. женился на Авдотье Васильевне Поскочиной. У них было три сына: Петр, Федор и Аврам, но отца пережил только средний сын: «в 717 г. 4 января била челом вдова Авдотья Васильева, дочь Ивановская, жена Афанасьего сына Брянчанинова с сыном Федором в прошлом де 710 г. волею Божиею мужа ее Ивана не стало, а после его осталась она с сыном Федором…».
О службе Федора Ивановича (ум. 1767) свидетельствуют два находящихся в архиве Герольдии его патента. Первый — от Петра II: 13 ноября 1727 года лейб-гвардии капрал Федор Брянчанинов переводился в прапорщики; второй — от Анны Иоанновны: 5 сентября 1736 г. он назначался в полковые квартирмейстеры. Дослужился он до чина коллежского асессора.
Женат Федор Иванович был на Настасье Ивановне. Их дети: Матвей, Александр, Изосим и Ирина. От двух старших сыновей пошли две ветви Брянчаниновых, младший скончался молодым, а дочь вышла замуж за Александра Федоровича Хвостова.