Сын Афанасия Матвеевича, Иван Афанасьевич Брянчанинов (второй) (23 ноября 1769 г. — 5 августа 1839 г.), в год смерти отца был определен в лейб-гвардии конный полк, но прослужил недолго и уже в 1790 г. вышел в отставку в чине корнета «за болезнями», а вернее, чтобы, вступив в наследство, заниматься своим хозяйством: после отца и матери ему досталось довольно богатое по вологодским меркам имение в 900 душ мужского пола. В дальнейшем он служил по выборам и в 1817–1820 гг. был губернским предводителем дворянства.
В 1791 г. он женился на Варваре Григорьевне Бартеневой. В браке они имели шестерых детей: Ольгу (1794–1833), замужем за П. А. Межаковым, поэтом, приятелем К. Н. Батюшкова, Софью (28 ноября 1795 г. — ?), в замужестве Рындину, Екатерину (28 ноября 1795 г. — 26 апреля 1884 г.), замуж не выходила, Николая (15 апреля 1800 г. — 15 сентября 1848 г.), Афанасия (18 августа 1805 г. — 1870 г.) и Анну (1807 г. — ?).
Похоронен Иван Афанасьевич в Москве на Лазаревском кладбище.
Не отметив свою жизнь никаким запомнившимся действием, Иван Афанасьевич Брянчанинов затерялся бы в памяти сородичей, если бы не подарил им труд, к которому они все обращались вновь и вновь вплоть до XX века. Труд этот есть описание родословного древа Брянчаниновых, многократно переписываемое представителями разных ветвей и разных поколений и потому сохранившееся во множестве списков в архиве Герольдии.
Заняться составлением родословия Ивана Афанасьевича вынудила необходимость доказать принадлежность фамилии Брянчаниновых к древнему роду для внесения ее в шестую часть Дворянской родословной книги. Возможно, что именно у него, как наследника старшей ветви, находились родовые документы. Но из-под его пера вышел не формальный документ, каким ограничивались в большинстве случаев представители других родов, а настоящее генеалогическое исследование с описанием, начиная с XVII в. жалованных грамот, состава дач, перехода поместий к наследникам, их споров и т. д.
Конечно, его в основном интересовали те ответвления сложного Брянчаниновского древа, которые просуществовали до его времени, но замечательно, что расписанные по ним имена совпадают с именами, названными Л. М. Савеловым в «Родословных записях», а также упоминаемыми в материалах Поместного приказа, опубликованных В. Н. Сторожевым, и в других документальных источниках.
Отныне всем представителям рода Брянчаниновых для доказательства своего права на внесение в шестую часть Дворянской родословной книги оставалось только сослаться на роспись, поданную, как они писали, «родственником моим лейб-гвардии корнетом Иваном Афанасьевичем Брянчаниновым».
Иван Афанасьевич, по-видимому, унаследовал милый, ровный характер своего отца. Косвенным свидетельством этого явилось возникновение теплых родственных чувств между ним и его знаменитым племянником. Во всяком случае, ни об одном из своих родных Святитель Игнатий Брянчанинов не написал таких слов: «Сердце сердцу весть подает. Во время болезни приезжал ко мне дядя Иван Афанасьевич Брянчанинов, бывший прошлого года в Новоезерском и вам понравившийся, зашел разговор о вашем монастыре. Старик очень вас помнит, и как он вам, так и вы ему весьма пришлись по сердцу».
К сожалению, потомство самого Ивана Афанасьевича по мужской линии иссякло уже в третьем поколении. Его старший сын Николай имел двух детей: дочь Ольгу (21 октября 1824 г. — 5 июня 1854 г.) и сына Николая (21 октября 1836 г. — 1876 г.) — последнего в этой линии Брянчаниновых. А второй сын, Афанасий Иванович, вообще в брак не вступал. Он жил помещиком, служил по выборам и в вологодском обществе запомнился тем, что в 1857–1860 гг., будучи почетным попечителем гимназии, настоял на введении там уроков танцевания, расходы за которые принял на себя.
Также скоро прекратилась линия и сводного брата Афанасия Матвеевича, Федора Матвеевича Брянчанинова (1765 г. — около 1835 г.). Службу свою он начал 5 марта 1783 г. в том же Семеновском полку, где служил до него брат. С 1 января 1786 г. переведен капитаном в Апшеронский мушкетерский полк и 23 февраля 1787 г. уволен по болезни в чине секунд-майора. В 1783 г. он разменялся с братом поместьями и ему достаюсь сельцо Гарицы Ухарской волости Романовского уезда Ярославской губернии. С 1788 г. он был заседателем Ярославского суда и запомнился в ярославском обществе тем, что подал на Высочайшее имя записку о противоправных действиях гражданского губернатора А. М. Безобразова. С 1801 по 1805 гг. он служил в Комиссариатском штате, а затем снова по выборам от дворянства. При вступлении Наполеона в Россию, он вернулся в армию и участвовал в Бородинском сражении.