Неудовольствие защитников Казанской академии против епископа усугубилось обстоятельством, которое епископ не счел возможным скрыть и должен был довести до сведения Синода, как факт, огласившийся во всем образованном обществе Ставрополя. Профессор Казанской академии Гусев, присланный в 1859 году для обревизования Ставропольской семинарии, на испытании воспитанников, в присутствии всех преподавателей семинарии и воспитанников учеников богословского отдела, кощунно отозвался о поведаниях библейских. Слова его повторялись одними кощунно, а благочестивыми христианами — с великою скорбию. Гусев, однако, получил награду — орден Св. Владимира 3–ей степени и сряду, однако, должен был оставить службу при академии.
Успешное влияние интриг ректора архимандрита Епифания в соединении с протоиереем Крастилевским при митрополите Филарете выразилось, с одной стороны, неподвижностию в Синоде исхода дела Крастилевского, с другой, нахально дерзкими безнаказанными действиями архимандрита Епифания, до того забывшегося, что в один из высокоторжественных дней, по окончании Божественной литургии в летнем кафедральном соборе, он, сослуживший епископу, вследствие спора с кафедральными священнослужащими, в присутствии командующего войсками генерал — адьютанта графа Евдокимова и всего военного и гражданского начальства, сопровождавших епископа к экипажу, подбежал к дверцам кареты и, остановив весь разъезд, с великим раздражением стал объяснять жалобу свою.
Епископ сказал: «Здесь не место — мы задерживаем всех» и приказал ему ехать в архиерейский дом, чтобы там объяснить ему случившееся. Оказалось, что архимандрит заносчиво оскорбил кафедральных священнослужащих и потому получил предложение епископа две недели не выезжать из дома. Взыскание это, естественно, не умиротворило архимандрита Епифания, опиравшегося на давнее покровительство митрополита Филарета.
Отношения митрополита Исидора к преосвященному Игнатию были также неблагосклонны. Они выразились довольно резко в проезде митрополита из Тифлиса на Киевскую кафедру. В видах поощрения и большего развития воспитанников семинарии старшего курса, епископ Игнатий ввел обычай призывать к себе на духовную беседу и рассуждения о предметах веры воспитанников семинарии богословского курса, отличающихся благонравием и успехами в науках, по засвидетельствованию ректора, и в сопровождении профессоров. Беседы эти происходили за вечерним чаем, сопровождаемым угощением фруктами и разными сластями.
Такое обращение епископа с своими подчиненными показалось митрополиту Исидору до неприличия фамильярным, и он, при свидании с ним в г. Георгиевске, не остановился сделать ему словесный строгий выговор, на который епископ отвечал одним молчанием. Особенная неуместность этого обстоятельства и бестактность, чтобы не сказать необдуманность, выговора состояла в том, что он был сделан в присутствии начальника губернии генерал — лейтенанта Волоцкого, нашедшего нужным успокаивать митрополита, убеждая его удовлетвориться молчанием епископа.
Когда преосвященный митрополит Исидор занял место вскоре за тем почившего Санкт — Петербургского митрополита Григория, епископ Игнатий письмом просил митрополита Исидора о переводе его в одну из епархий восточной России, где бы он мог присмотреть себе монастырь, чтобы поселиться в нем на покое. Просьбе этой митрополиту Исидору угодно было дать тот смысл, что будто бы преосвященный Игнатий просил очистить ему вакансию на Воронежскую кафедру, а потому, так как кафедра эта занята, то и просьба преосвященного удовлетворена быть не может. Иронический тон письма не оставлял никакого недоразумения. Напрасна была просьба его об этом же к Филарету Московскому.
Между тем, преосвященного постигла очень тяжелая болезнь — натуральная оспа, при сильном горячечном состоянии. Болезнь длилась, выздоровление хотя наступало, но медленно, силы его стали видимо слабеть, и он решился проситься прямо на покой, в уже знакомый ему Николо — Бабаевский монастырь Костромской епархии. В конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился со всеподданнейшим письмом к государю императору.
Вот содержание этого письма[235]
:«Августейший монарх, всемилостивейший государь!