За обеими реками монастырь владеет в Ярославской губернии небольшими сенокосными лугами. Жители Ярославля издавна расположены к Николо — Бабаевскому монастырю и с особенным благоговением и верой чтут имеющуюся в нем святыню — чудотворную икону святителя Николая. По — видимому, выгодное положение обители, стоящей на полпути между двумя губернскими городами — Ярославлем и Костромой — и при одном из первых водных сообщений, на котором имеет свою пароходно — пассажирскую пристань, должно намекать на материальное благосостояние ее, но на самом деле было не то. Пришельцы с Кавказа застали этот общежительный монастырь всего с шестьюдесятью рублями наличных денег, при двух тысячах рублей долга, притом перед самым вступлением в зиму без всякого запаса хлеба и заготовки дров. Хлебопашеством в монастыре вовсе не занимались.
Быстрому благоустроению обители много помогло то обстоятельство, что еще до приезда преосвященного Игнатия бывший настоятель ее игумен Парфений, по собственному желанию и просьбе, был перемещен епархиальным начальством в Надеевскую пустынь той же Костромской епархии и должность его была сразу занята игуменом Иустином. Благочинным монастыря был назначен иеромонах Каллист, а иеромонах Феофан сделан вторым духовником.
Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища — все было поведено к улучшению. С открытием весны заведено правильное хлебопашество на земле, прилегающей к монастырю (около восьмидесяти десятин частью болотной, частью наносно — песчаной), для чего была произведена разбивка полей, прорыты канавы для осушки болот и через них болотные воды спущены в Волгу.
В то же время начата перестройка келий, предназначенных епископом для него самого. Он выбрал себе две комнаты просторные, высокие, обращенные окнами на юг, в черный двор, в корпусе келий, названном «больничным», по устройству в нем в восточной оконечности корпуса церкви, примыкающей к ней своей западной стеной. Корпус этот выстроен вертикально к течению реки Волги от запада к востоку, а потому великолепная картина Волги закрыта для обитателя этих келий, ему видны только вершины древних дубов монастырской рощи, примыкающей к черному двору, обстановленному рухольным амбаром, погребом — ледником, баней с прачечной, дровяными сараями и по переднему фасаду корпусом, в котором живут рабочие и помещаются мастерские.
Одновременно с келиями владыки начато капитальное исправление корпуса братских келий и настоятельских. Корпус этот, с одной стороны, обращенной к Волге — двухэтажный, с другой, обращенной внутрь монастыря — одноэтажный, его нашли нужным сшить поперечными железными полосами, так как он от сырости места и от неравномерной осадки значительно истрескался в этом направлении. Гостиница для приезжающих, расположенная у самой ограды монастыря, была вся переделана внутри и по возможности прилично меблирована.
В первый год по прибытии владыки Игнатия на Бабайки посетил его старинный друг М. Чихачев, и это свидание их было последнее в жизни. Обоими признано было, что последнему не надо покидать своего места жительства — Сергиевой пустыни, в которую он положил все свое состояние и пользовался в ней всеобщим уважением братства и теми удобствами, какие необходимы были для него в болезненной старости.
В конце июня 1862 года приехал в Бабаевскую обитель на жительство родной брат владыки Петр Александрович Брянчанинов. Испросив увольнения от службы с должности Ставропольского гражданского губернатора, он поселился в монастыре на правах богомольца.
В мае 1862 года епископ Игнатий посетил преосвященных Платона в Костроме, Нила в Ярославле и Иринея в Толгском монастыре близ Ярославля, после этой поездки уже никуда не выезжал из монастыря, кроме прогулки в экипаже по окрестностям монастыря в хорошую погоду. В семь часов утра он пил чай, который признавал необходимостью как средство, согревающее кровь, и говаривал: «Вот что значит старость: не напившись чаю, и Богу не способна помолиться!» С 9–ти часов принимался за дела, или выходил к литургии, или осматривал производящиеся работы, принимал посетителей, по большей части крестьян больных, пользовавшихся от владыки медикаментами (гомеопатическими).