Ко времени вступления на патриарший престол у Никона созрела мысль о необходимости такой проверки и исправления. Став патриархом и разбирая патриаршую библиотеку, он нашел в ней грамоту об утверждении патриаршества, в коей говорилось о необходимости полного согласия православных церквей и о строжайшем соблюдении догматов. Это побудило его к исследованию, не отступила ли русская церковь от православного греческого закона. Как в Символе Веры, так и в других книгах он сам увидел отступления. Но решиться сразу на гласную систематическую проверку всех этих отступлений было трудно по важности самого дела, и Никон начал свои реформы частными мерами. Он 1653 г. вместо 12 указал 4 земных поклона во время чтения молитвы «Господи и Владыко живота моего». Эта реформа, весьма некрупная, тем не менее показалась нестерпимой многим московским священникам, именно, кружку Иосифовскому, в центре которого был Стефан Вонифатьев, Благовещенский протопоп, и Ив. Неронов, священник московского Казанского собора. К этому же кружку примыкали Юрьевский протопоп Аввакум и др. К этому кружку в былое время принадлежал и сам Никон. Вместе с прочими членами кружка он отличался национально-охранительным настроением, которое, однако, утратил, когда стал во главе церкви и получил более широкий кругозор. Перемена его взглядов не осталась неизвестной его старым приятелям. Эти лица, недовольные утратой того влияния, каким они пользовались при Иосифе, недовольные постоянными толками об исправлениях и присутствием греков и киевлян, собрались обсуждать новую меру Никона и нашли ее еретической. «Задумалися, сошедшися между собою, — говорил Аввакум, — видим я ко зима хочет быти: сердце озябло и ноги задрожали».
Увидели они, что толки об исправлениях начинают переходить в дело и, не сочувствуя этому, составили и подали царю челобитную на Никона. В челобитной говорилось не только о новой мере Никона, но и о двоеперстии, о котором тогда еще не было решено; Никон обвинялся в ереси. Очевидно, что московские попы знали о намерениях Никона, о готовящейся реформе и уже заранее протестовали против нее. Челобитная их была безуспешна. Из-за нее, однако, между Никоном и этим кружком начались неудовольствия и произошел окончательный разрыв, который привел к ссылке некоторых членов кружка.
На духовном соборе в 1653 г. разбиралось дело Логгина, судившегося по доносу воеводы Муромского за оскорбление святыни; на соборе протопоп Неронов, вступившийся за Логгина, высказал много горького и дерзкого Никону и за это собором был послан в монастырь на смирение. Аввакум, поссорясь после ссылки Неронова с другими священниками Казанского собора, устроил всенощную в сарае на том основании, как он говорил, что в «некоторое время и конюшня де иные церкви лучше». Он был арестован и осужден вместе с Логгином как за это бесчинство, так и за то, что они подали царю на патриарха жалобу по поводу осуждения Неронова. Аввакум был сослан в Тобольск. Это столкновение Никона с влиятельным кружком московских попов при самом первом шаге задуманных им исправлений показало ему всю невозможность действовать при церковных исправлениях одному. Его личные распоряжения и в будущем могли вызвать такое же противоречие. Необходимо было поэтому
Но это самое противоречие показывало, что определение