Были у Екатерины действительные основания опасаться за свою власть. В первые дни ее правления среди армейских офицеров, собранных на коронацию в Москву, шли толки о состоянии престола, об императоре Иоанне Антоновиче и великом князе Павле. Некоторые находили, что эти лица имеют больше прав на власть, чем императрица. Все эти толки не выросли в заговор, но очень тревожили Екатерину. Значительно позднее, в 1764 г., обнаружился и заговор для освобождения императора Иоанна. Иоанн Антонович со времени Елизаветы содержался в Шлиссельбурге. Армейский офицер Мирович сговорился со своим товарищем Ушаковым освободить его и его именем совершить переворот. Оба они не знали, что бывший император в заключении лишился ума. Хотя Ушаков утонул, Мирович и один не отказался от дела и возмутил часть гарнизона. Однако при первом же движении солдат, согласно инструкции, Иоанн был заколот своими надсмотрщиками и Мирович добровольно отдался в руки коменданта. Он был казнен, и его казнь страшно подействовала на народ, при Елизавете отвыкшей от казней. И вне войска Екатерина могла ловить признаки брожения и неудовольствия: не верили смерти Петра III, говорили с неодобрением о близости Г. Г. Орлова к императрице. Словом, в первые годы власти Екатерина не могла похвалиться, что имеет под ногами твердую почву. Особенно неприятно ей было услышать осуждение и протест из среды иерархии. Митрополит Ростовский Арсений (Мацевич) поднял вопрос об отчуждении церковных земель в такой неудобной для светской власти и для самой Екатерины неприятной форме, что Екатерина нашла нужным поступить с ним круто и настояла на его расстрижении и заключении.
При подобных условиях Екатерина, понятно, не могла сразу выработать определенную программу правительственной деятельности. Ей предстоял тяжелый труд сладить с окружающей средой, примениться к ней и овладеть ею, присмотреться к делам и главным потребностям управления, выбрать помощников и узнать ближе способности окружающих ее лиц. Понятно, как мало могли помочь ей в этом деле принципы ее отвлеченной философии, но, понятно, как много помогли ей природные способности, наблюдательность, практичность и та степень умственного развития, какой она владела вследствие широкого образования и привычки к отвлеченному философскому мышлению. Упорно трудясь, Екатерина провела первые годы своего царствования в том, что знакомилась с Россией и с положением дел, подбирала советников и укрепляла свое личное положение во власти.
Тем положением дел, какое она застала, вступая на престол, она не могла быть довольна. Главная забота правительства — финансы — были далеко не блестящи. Сенат не знал точно цифры доходов и расходов, от военных расходов происходили дефициты, войска не получали жалованья, а беспорядки финансового управления страшно запутывали и без того плохие дела. Знакомясь с этими неприятностями в Сенате, Екатерина получала понятие о самом Сенате и с иронией относилась к его деятельности. По ее мнению, Сенат и все прочие учреждения вышли из своих оснований; Сенат присвоил себе слишком много власти и подавил всякую самостоятельность подчиненных ему учреждений. Напротив, Екатерина в известном своем манифесте 6 июля 1762 г. (в котором она объяснила мотивы переворота) желала, чтобы «каждое государственное место имело свои законы и пределы». Поэтому она постаралась устранить неправильности в положении Сената и дефекты в его деятельности и мало-помалу свела его на степень центрального административно-судебного учреждения, воспретив ему законодательную деятельность. Это было сделано ею очень осторожно: для скорейшего производства дел она разделила Сенат на 6 департаментов, как это было при Анне, придав каждому из них специальный характер (1763 г.); с Сенатом стала сноситься через генерал-прокурора А. А. Вяземского и дала ему секретную инструкцию не поощрять Сената на законодательную функцию; наконец, повела все свои важнейшие мероприятия помимо Сената своею личной инициативой и авторитетом. В результате была существенная перемена в центре управления: умаление Сената и усиление единоличных властей, стоявших во главе отдельных ведомств. И все это достигнуто исподволь, без шума, крайне осторожно.