Баторий и поляки не рассматривали всерьез угрозу со стороны шведов, и те, воспользовавшись ситуацией, захватили Нарву и укрепляли свои позиции в Эстонии. Получив Ливонию, Речь Посполитая не сумела воспользоваться своим успехом в полной мере и не ликвидировала источник потенциальных конфликтов со Швецией.
Смерть короля помешала осуществить планы вторжения в Московское государство, а последовавшее за нею бескоролевье усилило влияние магнатов в сейме и государстве.
Продолжительное правление Сигизмунда III привело Речь Посполитую к вершинам ее могущества, но одновременно с этим стало эпохой невиданных поражений. Иллюзорность устремлений Речи Посполитой обрести статус великой державы обнаружилась с началом Тридцатилетней войны. Состояли они из попыток заключить унию со Швецией, что спровоцировало ряд военных конфликтов, из попыток поглотить Украину и, наконец, из попыток подчинить Московское государство.
Речь Посполитая не сумела заключить союз со Швецией, хотя этот союз был для нее единственным шансом решить балтийскую проблему. Попытки Сигизмунда закрепить за собой шведский трон после смерти Юхана III подтолкнули его противников на союз с Москвой. Протестантская Швеция вступала в период активной внешнеполитической экспансии, главной целью которой были плодородные земли южного побережья Балтийского моря. Но именно поляки вопреки какой-либо логике требовали передать Польше права на Эстонию и добились на это согласия Сигизмунда III в самый неподходящий для Польши момент. Узнав о своей детронизации в Швеции (1599), король попытался еще сильнее связать с Речью Посполитой собственные династические устремления. Эти расчеты оказались ошибочными и втянули республику в ряд совершенно ненужных ей военных конфликтов. В тот момент, когда Сигизмунд III принимал правление в свои руки, позиции Речи Посполитой казались очень прочными: бескоролевье, длившееся целый год, хотя и сопровождалось страшными беспорядками, не привело к дестабилизации ситуации в стране. Москва, где с 1598 года правил Борис Годунов, не представляла угрозы; сначала Литва, а потом и Польша без труда добились продления сроков перемирия. Соглашение 1589 года урегулировало конфликт Речи Посполитой с императором.
Сенаторы и послы, магнаты и шляхта — все считали, что их государство способно продолжить экспансию. Такая уверенность влияла на короля и круг его советников; разделял ее и канцлер (1578) гетман Ян Замойский (1542–1605).
Причины того, что Польша не стала великой державой и что для экспансии не хватало материальных средств, отчасти заключается во внутриполитических факторах. Внешнеполитическая слабость Речи Посполитой не проистекала напрямую из отсутствия сильной королевской власти, но определялась несовершенством политической системы, которая создавала условия как для самоуспокоенности и беззаботной жизни, так и для проявления частных интересов в неслыханных масштабах. Эти чрезмерные амбиции знати блокировали завершение реформ государственного устройства и казны. Проекты дальнейших преобразований не были реализованы на сейме 1589 года, так как не удалось договориться о принципах избрания короля. С этого момента дороги короля и канцлера разошлись. Замойский стремился не только сделать процедуру выборов более эффективной, но и навсегда исключить Габсбургов из числа кандидатов на польский престол.
В 1592 году состоялся инквизиционный сейм, на котором были раскрыты замыслы короля передать польскую корону Габсбургам. Сигизмунд был унижен, а его попытки в 1594–1598 годах установить в Швеции свое правление закончились катастрофой. Все эти события способствовали дальнейшей децентрализации власти в стране. Проблема заключалась в том, что перемещение центра тяжести в провинциальные органы сословного представительства (сеймики) усиливало влияние местных интересов на польскую внутреннюю политику и затрудняло создание института, который бы взял на себя реальные функции центрального органа власти, а объединенные вокруг короля и канцлера политические силы вели ожесточенную борьбу исключительно за сохранение собственного влияния. В хаосе соперничества затерялись голоса, высказывавшиеся за необходимость упорядочить принципы проведения сеймов; на задний план отошли также проблемы внешней политики. На рубеже XVI–XVII веков, прежде чем внутреннее противостояние достигло своей кульминации в сандомирском мятеже 1606 года, неожиданно стало ясно, что Речи Посполитой со всех сторон угрожает опасность.