Революционным на флоте был уже приказ о немедленном окрашивании кораблей в защитный “светло-серый цвет”. Эта задача вполне решалась нанесением белой краски на черный корпус. “Хотя при этом черный цвет и не вполне закроется, но это не имеет значения, так как все дело тут не в щегольстве, а в уменьшении видимости судов ночью и в затруднении наводки неприятельских орудий днем”. Эти столь очевидные и бесспорные указания со временем, однако, оказались забыты, а двое из участников тех событий под влиянием условий мирной обстановки (Ф.В. Дубасов и З.П. Рожественский) приложили руку к тому, чтобы вовсе отказаться от идеи маскировочного окрашивания. Пока же, в условиях подготовки к бою, командиры в полной мере использовали предоставленные им возможности собственным опытом и вкусом подобрать наиболее эффективный цвет окраски.
Так, флагманский “Память Азова”' был окрашен Г.П. Чухниным в несколько розовато-серый цвет под тон цвета местности. Не только ночью, но и вечером и рано утром корабль совершенно сливался с морем. Хорош был цвет “Владимира Мономаха” под “мокрую парусину”, но он в лучах прожектора ночью давал отблеск. Наиболее эффективным и простым оказался цвет, рекомендованный С.О. Макаровым.
Эталоном стала лодка “Отважный”. Она свой черный борт окрасила легким слоем жидких белил. “Даже с расстояния 2–3 каб., — вспоминал лейтенант граф А.П. Капнист (1871–1918), — корабль этот скрывался во мраке ночи, сверх того, борт его не блестел под лучами прожектора…” Также, по-видимому, в соответствии с рекомендациями С.О. Макарова, был окрашен и “Император Николай I”. Он и в остальных мерах подготовки к бою оставался эталоном. “И не могло быть сомнений, — как писал Ф.Ф. Врангель — относительно того, в чьи руки перешло в эти критические дни фактическое руководство нашими морскими силами”.
Вместе с интенсивной подготовкой кораблей к бою, выходом в море для совместных эволюций и стрельб С.О. Макаров был озабочен сбором предложений об усовершенствовании кораблей и перспективами развития флота в Тихом океане. По его инициативе С.П. Тыртов провел на “Императоре Николае I” два больших совещания флагманов и командиров кораблей 1 ранга. Среди дальнейших предложений по усовершенствованию кораблей было одобрено и предложение С.О. Макарова, на котором он ранее неоднократно настаивал, об испытании переборок строившихся кораблей наливом воды в отсеки. Рекомендовано было провести и испытания также неоднократно предлагавшейся адмиралом системы вспомогательных двигателей.
Было обращено внимание на развитие базы во Владивостоке, где следовало организовать выпуск самых крупных деталей корабельных механизмов и артиллерийских установок, а также наладить постройку миноносцев. Было очень нерационально изнашивать хрупкие механизмы этих кораблей, ведя их за 14 000 миль через океаны. Обращено было внимание на крайнее несовершенство корабельных систем сетевого заграждения, которое бывает “так неудобно, что им нельзя пользоваться’' (дело, как видно, обстояло не так просто, как это сегодня кажется некоторым нашим “новым историкам'"). Снабжать же сетями С.П. Тыртов, С.О. Макаров и Г.П. Чухнин считали необходимым все корабли, начиная с водоизмещения 3000 т. Другие считали возможным применять сети лишь для кораблей, начиная с водоизмещения 6,6 или даже 10 тыс. т.
В обсуждении перспективных типов кораблей и состава того флота, который с наибольшей эффективностью мог бы противостоять флоту Японии, совещание обнаружило значительное расхождение мнений. Оно, копечно, было обусловлено весьма слабым развитием понятий о тактике и отсутствием 'ого мозгового центра флота, который еще в 1888 г. предлагал создать адмирал И.Ф. Лихачев и который руководящая верхушка Морского ведомства по-прежнему считала для флота ненужным. Волюнтаристское управление флотом было несовместимо с научным мозговым центром, и потому о Морском генеральном штабе вспомнили, как известно, только после русско-японской войны.
В качестве основного типа боевого корабля русского флота в Тихом океане на борту “Императора Николая I” были предложены едва ли не все образцы тогдашнего судостроения: бронепалубный крейсер по образцу японского “Такачихо” водоизмещением 3700 т (С.О. Макаров), броненосный крейсер водоизмещением 8000 т (П.П. Молас), броненосец “Император Николай I” (Е. И. Алексеев), облегченный броненосец по образцу английского “Центуриона” водоизмещением 10500 т (З.П. Рожественский), броненосец водоизмещением 12000 т (Г.П. Чухнин). Эскадру из таких 15–20 кораблей в пределах предположенного общего тоннажа 150000 т дополняли крейсерами и миноносцами.