Мейтнер повезло с преподавателями, которые следили за новейшими открытиями в области физики и делились ими со студентами. Франц Экснер, один из преподавателей экспериментальной физики, был другом Вильгельма Рентгена, поэтому знал обо всех открытиях, связанных с Х-лучами. Также этот преподаватель интересовался радиоактивностью и был знаком с Марией и Пьером Кюри, предоставлявшими ему для экспериментов уран.
Начиная со второго года обучения преподавать у Мейтнер стал Людвиг Больцман, уроки которого она называла «блестящими и увлекательными». Больцману удавалось заразить слушателей собственным энтузиазмом, с которым он занимался физикой. Общение с ним было настолько захватывающим, что «после каждого занятия оставалось ощущение, будто перед нами открылся чудесный и совершенно новый мир». Можно сказать, что в формировании Мейтнер как физика принимал участие один из самых видных ученых эпохи и прекрасный оратор, заставлявший замирать аудиторию. Мейтнер считала, что «этот преподаватель был так талантлив из-за своей нетипичной человеческой природы»: она имела в виду в том числе и частую смену настроений, которой был подвержен Больцман.
Отто Фриш
Благодаря Больцману Мейтнер стала свидетельницей одного из самых напряженных интеллектуальных диспутов той эпохи, посвященных существованию атомов. Больцман был защитником атомизма, в то время как большинство химиков и физиков эпохи поддерживали философское течение, известное как позитивизм, согласно которому единственным источником знаний являются чувства. Для позитивизма какое-либо понятие имеет значение, только если оно связано с эмпирической реальностью. В противном случае такое понятие нельзя считать частью научного знания, оно относится к области метафизики, что, по мнению позитивистов, было синонимом чего-то нереального, существование чего не подкреплено доказательствами. Именно это происходило с понятием атома до XIX века: о его существовании можно было догадаться по некоторым признакам, но экспериментальных доказательств не существовало. Атомы для ученых представляли собой абстрактные единицы, поэтому позитивисты считали их метафизическим понятием. Больцман, в свою очередь, утверждал, что существование атомов необходимо признать для объяснения известной нам реальности.
В 1900 году Больцман вел занятия в Лейпциге, и там ему пришлось столкнуться с суровой критикой, которая его просто опустошила. В 1902 году ученый отправился с семьей обратно в Вену, где хотел набраться сил, чтобы вернуться к преподаванию. Мейтнер присутствовала на первом занятии Больцмана и так вспоминала об этом:
Людвиг Больцман
В 1905 году Мейтнер начала исследовательскую работу, которая должна была принести ей степень доктора, руководителем был Франц Экснер.