В 1872 году ученый познакомился с Генриеттой фон Айгентлер, которая направила прошение об изучении физики и математики в Университете Граца (но оно было отклонено). Пользуясь поддержкой Больцмана, Генриетта подала апелляцию и была принята на исключительных условиях. После интенсивной переписки, длившейся четыре года, она вышла замуж за Больцмана, и в этом браке родились пятеро детей. С тех пор Больцман стал непреклонным защитником женщин, особенно в части их права на высшее образование. В1873 году он вернулся в Вену и на протяжении трех лет занимал должность профессора математики. В 1876 году Больцман вновь переехал в Грац, и там начался самый плодотворный период жизни ученого, продолжавшийся 14 лет.
Среди его учеников был, например, Сванте Аррениус (1859-1927). Больцман возглавлял университет и сформулировал свои основные теории. В 1890 году ему предложили кафедру в Венском университете, и он вновь вернулся в родной город, где в то же время преподавал один из главных противников атомизма, авторитетный австрийский физик Эрнст Мах (1838-1916). После этого Больцман вновь уехал — в Лейпцигский университет, а потом опять вернулся в Вену. В этот раз среди его учеников были Лиза Мейтнер, Пауль Эренфест (1880-1933) и многие другие видные впоследствии ученые. В1906 году Больцман совершил самоубийство в Дуино, Италия. Причиной этого поступка часто называют нервное истощение физика, к которому его привели дискуссии вокруг атомизма. Те, кто был близко знаком с Больцманом, знали, что он склонен к резким переменам настроения и депрессии. Мейтнер не сомневалась, что самоубийство было результатом «умственной нестабильности». После смерти Больцмана она писала:
«Он мог сильно страдать из-за вещей, которые другой, более толстокожий человек, едва почувствовал бы».
Сегодня считается, что ученый страдал маниакальной депрессией. «Больцман не скрывал своего энтузиазма, когда говорил, увлекая за собой слушателей», — вспоминала Лиза. Он поддерживал дружеские отношения со многими своими учениками, так что Мейтнер вместе с другими студентами неоднократно присутствовала на вечерах в доме Больцмана, когда он играл на фортепиано и много шутил.
Юная австрийская исследовательница изучала теплопроводность в негомогенных твердых телах — тема, связанная с лекциями Больцмана. Также Мейтнер постаралась применить для объяснения теплопроводности законы Максвелла и экспериментально подтвердила свои гипотезы. В знак признания этого труда она получила высшую оценку за свою работу и стала в 1906 году доктором наук.
В одной из своих биографических записей Мейтнер с радостью вспоминает, как Пауль Эренфест связался с ней, чтобы поближе познакомиться с теорией Больцмана и Рэлея: